本因坊秀哉名人隐退之后，将本因坊这一家传称号无偿捐献给了日本棋院，本因坊家就此绝迹。
1939年，拥有本因坊这一称号的日本棋院开始与每日新闻社签约，由每日新闻社投入巨资举办本因坊战。经过两年的淘汰赛，1941年，木谷实的师兄关山利一夺得了第一届本因坊称号，改名本因坊关山利仙，吴清源战绩不佳，名列第三。
在这段时间里，由于“红卐字会”被日本政府取缔并解散，失去信仰的吴清源加入了另一个组织——“篁道大教”，教主为峰村教平。
“篁道大教”与“红卐字会”有许多相似的地方，也是拜求“神谕”，但他们供奉的是“天照大神”。教主峰村教平却是一边搞宗教一边搞实业，后来干脆专心开起矿来。
而吴清源却因此结识了教主峰村教平一个亲戚的女儿——中原和子，并于次年结婚。夫妻二人都是“篁道大教”的信徒。
不久，“篁道大教”改名“玺宇教”。
这一年，一个叫长冈良子的蒲田妇女来到了“玺宇教”，据说长冈良子拥有超强的灵感和法力，她以自己的法力为信徒治病，以至于她的声望越来越高，其风头渐渐超过了埋头开矿的“玺宇教”教主峰村教平。
1940年以后，随着日本侵略战争规模的扩大，日本人民的生活也逐步艰难起来，粮食、物资奇缺，大量男丁被征召入伍，充当炮灰。在东亚及东南亚，随着各国人民抗日战争的深入，日本政府已疲于奔命，日本人民处于贫困、饥饿的状态。所以，大量的人民开始流亡，许多人加入各种宗教，“玺宇教”的信徒也越来越多。
1942年，《读卖新闻》举办了吴清源对藤泽库之助的升降十番棋。
藤泽库之助在日本被称为“黑先无敌”，由于此时他是六段，与吴清源存在段位差，所以，按棋份他应该定先，就是说他可以始终执黑，按日本人的设计：“黑先无敌”的藤泽如果始终执黑，对吴清源的十番棋就可以保证胜利。
这真是堪称“煞费苦心”的策划！
可是，再过几个月，藤泽就要升七段了，棋院为此专门又定下规矩，即使藤泽升七段，定先的棋份不变！
1942年12月27日，依然是腰越的读卖海之道场，吴、藤泽升降十番棋开始。
这次十番棋，双方比分交替上升，要知道，在执黑不贴目的时代，执白是很困难的，所以，旧时日本的棋手在一些重大比赛上都是十番棋或者二十番棋，以保证双方都有相等的执黑棋的机会。
第七局结束以后，吴清源的征兵通知书下来了。于是，吴清源只得跑去参军，不料经检查身体，因体质极差，免除征用！
这已是1944年了，罪恶的日本侵略战争崩溃的前夕，战火已经蔓延到了日本国内，东京等地不断地遭到美国飞机的轰炸，围棋比赛也没有人去关注了，甚至棋手也各谋生路，四散奔逃。
最著名的“原子弹下的对局”就发生在这一时期，那是1945年第三期本因坊决战，由岩本熏挑战桥本宇太郎。
当时的东京不断地遭到轰炸，很多地方都被夷为平地，日本棋院会馆同样未能幸免，也在空袭中烧掉了，于是对局被安排到有防空洞也有大量粮食的广岛。
8月4日在下第二局的时候，广岛警察赶来了，要求棋手们不要在这里下棋了，因为接到命令，广岛市内随时可能被空袭，要求他们撤出市区。
于是，他们被迫转移到了广岛的郊区。进行到8月6日，岩本熏和桥本宇太郎正在房间里面对弈的时候，突然，一道强光从外面猛烈地照射进来，几秒钟之后，一声巨响传来，伴随着飞沙走石，门窗崩裂，玻璃四处飞溅，大地在颤抖，楼房在摇晃，岩本和桥本两人魂飞魄散，只觉得世界末日就要到来了！
那是美国在广岛扔下了原子弹！另一颗扔在了长崎。
而此时的吴清源，在藤泽朋斋定先的棋份下四胜六败，终于失去了常胜将军的桂冠。
接着，吴清源的家也在空袭中被炸平了，他和妻子无家可归，棋院的棋手们早就各奔东西，纷纷躲命去了。吴清源和妻子只得跟随“玺宇教”的教徒们四处流浪。
在战火和动荡的考验下，“玺宇教”的控制权逐渐掌握在蒲田来的老妇人长岗良子的手中，她自称“玺光”，是天照大神的使者。随着信徒越来越多，后来她干脆称自己为神，要求信徒们尊称她为“玺光尊”！
吴清源夫妻和“玺宇教”里其他信徒每天都要跟着“玺光尊”四处布道，宣扬教法。他们举着旗、打着幡，嘴里高唱“天銮照妙、天銮显现”，走过街区，走过渔村。他们从东京走到横滨，不久横滨也遭到轰炸，笼罩在火海之中，他们继续流浪。
“玺宇教”的教规极严，夫妻之间不得随意交谈，居住也是分开的，与信徒以外的人更不能随意交往，不准随身携带钱财，所有私人财物都要作为“供奉”上缴，每天很早就得起来祈祷、诵经，念“天玺照妙、天玺显现”，然后上街现身说法。
他们的住所随着他们漂泊的地方而不停变更，而那个自称“玺光尊”的老妇人还是个贪得无厌之徒，她到达一个地方之后，总是先以“借住”的名义率领信徒们住在好心收留他们的有钱人家，先是住在人家的厢房里，过不了几天，就以神的名义占领人家的堂屋，把主人赶到厢房。再接着，就是要求人家加入“玺宇教”，成为她的信徒，捐献所有财产，当然也包括房子！
所以，一路上总是纠纷不断，屡屡被赶出门。
晚上，那些有灵感的人都要有接灵的状态，吴清源所接的神灵与“玺光尊”所接的神灵存在差异，这让“玺光尊”十分不满，渐生嫌恶。
不久，日本著名的相扑力士双叶山也来投奔“玺宇教”。在日本，相扑运动是最有影响力的运动，所以，对闻名天下的双叶山，即使是号称“神”的“玺光尊”，也是如雷贯耳，于是，她对双叶山格外优待。
可是，双叶山家里开办了“双叶山道场”，那里还有80多个弟子，全都惶惑不安，双叶山的家人也十分着急，但他们根本见不到双叶山，“玺光尊”派人把前来寻找的人统统关到门外。
最终，双叶山的家人求助于警方，当地警察全部出动，经过一夜的周折、争斗，终于将双叶山给抢了回去。
一天，有一个陌生人前来拜访“玺光尊”，“玺光尊”以为又是其他地方的信徒来捐献钱财。不料，那人却自我介绍是读卖新闻报社的文化部长，他请求“玺光尊”同意吴清源重返围棋界，与桥本宇太郎来一次十番棋决斗！
