的心脑血管、医学整容、活体肝脏移植、癌症等专科皆处于世界领先地位。2008年5月，厦门长庚医：隆重开业，引发了两岸官产学界高度关注。
在长庚医：成立之前，台湾医：的状况我们大陆百姓也都“非常熟悉”：态度恶劣、效率低下、价格昂贵、“红包文化”等等。这是由于当时的医：也多属公立，经营方式陈旧，医师与管理人员享受公务员待遇，薪资多年固定不变等原因造成的。
而长庚医：，则改写了台湾医疗事业的历史。今天看来，其功绩一方面在于彻底改变了台湾老百姓“看病难”和“看病贵”的问题，另一方面也有力地推动了台湾医疗制度建设。
那么，长庚医：是靠什么实现这一切的？
长庚医：尝试建立了一种新型的医：经营管理模式。其特色主要集中在以下几方面：以成本中心为依据实行分科管理；建立个人绩效制度；建立医师诊疗制度及合理的薪资制度；全面引进新的医疗技术，购置现代化高科技医疗仪器；建立合理的药品和设备采购制度及财务管理制度；全面实施电脑化管理。
长庚医：为追求经营管理“合理化”，在组织机构上设置行政中心，作为整个医：的幕僚及服务部门，目的在于统筹医疗资源，发挥整体性力量。这些幕僚除从事管理推动及项目改善工作外，还同时负责医疗制度的拟定、计算机化规划及推动、业务稽核、原物料采购、资金调度、工程营建、法律事务及公共关系等工作。另在各分：还设立分支机构，因而是一条完整的专业直线幕僚组织。
在医疗业务的管理方面，为使医：不致因规模日渐庞大而使效率有所降低，长庚医：还仿照企业的事业部形式设立科系制度，以符合产销一元化与责任经营原则，目的在于使各个科系能够实际配合本身的组织编制、诊疗程序、产品结构等需要，以便于全盘规划经营目标，统筹整体的诊疗、教学和研究作业。
同时，长庚医：还实施“利润中心”制度，即将各科系以科别各自建构成一个单独计算损益的单位，并透过会计的管理分析报表，根据成本投入和产品收入来衡量各自的经营绩效，以追求经营管理的合理化。
以心脏科的改革为例：1991年，王永庆下令把长庚医：心脏科一分为二，目的在于扩增规模且提高效率。但计划刚一提出，即先后遭到来自医：内外的批评与反对。
医：内部的反对理由是：拆分会伤及原有心脏科的完整性，还有可能导致每一科的临床案例减半，从而削弱学术研究的竞争力。外部的批评则认为：分科是长庚医：实施利润导向战略的结果，违背非营利性医：的医学伦理。考虑再三之后，王永庆并没有为外界非议所动，依然坚定推进分科改革。当年年底，原有的心脏科即被分为心脏一科和心脏二科。
两个心脏专科在业务上各有侧重，服务方式也略有不同。比如，心脏二科决定采用团队模式来运作：住：病人每次轮流由两位主治医师带领研究员、住：医师来照顾。四位主治医师每月轮流一次，每次由一位资深主治医师搭配另一位年轻主治医师。除科内进行改革以外，一些围绕心脏科设立的研究部门和功能科室也进行了类似调整。
分科的成效在三个月之后便开始显现。1991年年底，心脏科的营业额只有3000多万新台币，三个月后便增加到4500万。10年后，两个心脏科的规模均超过了原有的一个心脏科，主治医师队伍各有13个人，整个心脏科的业务量比1991年增加了三倍，每个月都有上亿元新台币的收入。
在外界看来，王永庆的做法是利润导向。但实际上，除了实现扩大规模和提高效率两个目的以外，王永庆坚持分科的原因是因为他敏锐地观察到：台湾的医生大多个性鲜明，特别是来自公立医：的医生因为多数采用“师徒制”，即一个教授通常指导几个学生，因此一个专科创立后不久即出现多个“山头”，“门徒”之间老死不相往来。与其让他们在一个单位之内“派系相争”，不如分而治之：既化解矛盾，又形成竞争，充分调动并发挥了每一位主治医师的积极性。
为实现经营目标，长庚医：全面实施个人绩效奖励制度。这一制度将医护人员的利益与医：的利益有效结合，使得医疗人员的报酬结构更加合理，并由此成功培养了员工的责任感，激发各级人员不断发掘问题、解决问题。
在长庚医：，每一个专科是一个成本中心，其运行方式是独立经营。以心电图检查室为例：为了建立绩效制度，首先要检讨用人是否合理。王永庆责成医院负责人实地访查，应用工业工程等理论，仔细测量并统计每一位病人每做一次心脏检查所需的时间；根据市场需求和每一位技术人员在额定时间段内检查的平均人数，品质核定需要的技术人员数量和其工作量。如果超过额定工作量，那么医：就核拨适当的绩效奖金。如果绩效奖金超过一定比例时，医：将考虑增加技术人员的数量，或是重新核定工作量，并在新的基准上重新运行。
对医护人员的管理，是医：管理的重点所在，特别是薪资改革。过去台湾的医师基本上领取固定薪水，但王永庆则引进美国向病人收取“医师诊疗费”的制度：以科为单位，将整个月的诊疗收入集中起来，再以据“三三三制”的比例进行分配。
也就是说，医院把各个绩效项目，如：年资、教学贡献、研究贡献、承担的行政任务、已有的职务等等，按照各占1/3比例分为三个部分，然后再通过计算点数重新分配。为防止收入差距过大，以及因为收入差距过大可能会引致医师或者偏重教学忽视诊疗，或者偏重诊疗忽视研究，长庚医院再根据每一位医师的年资和职务等因子设定奖金的上限，超过部分归入医院主治医师诊疗基金，用以补助主治医师的退休金、必要的进修学习、参加学术会议，以及那些收入虽不理想但又属于必设专科的医生。如此的改革措施，使得医院在分配制度方面做到了既公平又有效率。较高的收入，也免除了医师们利用下班时间外出另谋差使的必要性。同时也因为严密与严厉并重的监督措施逐渐落实到位，消除了盛极一时的“红包文化”。
在成立之初，长庚医院在内无规章制度、外无经验可资借鉴的情况下，成立五人工作小组，每周利用周五晚餐时间边吃饭边开会，每次讨论一个主题。王永庆利用每个周日的下午，再亲自主持检讨会，而且一做就是几十年，通过如此一点一滴的积累建立了如今长庚体系较为完善的经营管理制度。这和台塑集团当初为建立企业制度采取的“午餐汇报会”的做法如出一辙。
长庚医院的每一次改革，都从正面推动了台湾医疗体系的进步，并成为其他医院竞相学习的典范。例如：长庚医院在建院伊始就定位为平民医院，它透过规模扩张、强有力的采购机制，以及各成本中心点点滴滴追求成本合理化，不断压低药品和诊疗价格，确保民众在有病时不怕看病，看病时又能享受到高品质的服务。
台湾民众的肾病发病率较高，治疗方法一般采取透析（俗称洗肾）来解决。
过去因为设备、管理以及服务跟不上等原因，洗肾的价格高达每人次6300元新台币，按今天的汇率折算人民币约1400元，而且一个病人一周只能洗两次。
王永庆得知后，命人深入调查研究，结果发现洗肾的效率十分低下。在改为计算机排程，并且改革技术人员和操作人员的绩效奖金之后，原来每天安排一个批次的病人现在增加为三个批次。最后再在仪器和药品采购上下功夫，终于把价格控制在1000元人民币以下，而且还因此增加了每位病人的洗肾次数。不少人因此被拯救了性命，并且医：的收入也因此增加了。
在研究方面，长庚医院的做法不是采用预算制度，而是改为实报实销制。
在原有的预算制度下，医师即使为了购买一只水笔也要层层签报，不仅浪费时间，同时也给研究工作带来不便。王永庆采纳了管理层的意见，要求医：的管理在制度上要确保医师顺利完成研究任务，应该制定多项奖励制度，特别是给予已立项的专案研究再配套50%的资金。只要钱不装进个人口袋，配套资金完全由研究者自行支配。在此制度的激励之下，长庚医：的诊疗、教学和研究相互支持，进入了一个完整而独立运作的良性循环局面。
为了鼓励人才成长，同时更重要的是为了确保人才培养的质量，长庚医院对主治医师的晋升采取的是“二六九”政策，在医院内部也被称为“二六九条款”。它规定：住院医师必须经过必要的历练，并在两年内发表一定数量的研究论文，才能当上主治医师。如果在接下来的六年内没有取得讲师资格，那么就有可能被院方解聘。另外在取得讲师资格后，他还必须再完成一定数量的研究论文并在九年内取得助理教授资格。如果到期达不到，他就得考虑离开医院自行开业或走纯临床的路子。
长庚医院的“二六九条款”在西方发达国家早就实行了，其基本理念是：医师必须在行医时兼做研究。但王永庆的贡献在于，他敢于率先引进先进做法，并根据医院和台湾医师培养的实际情况再制定相应的配套措施，然后始终如一地贯彻下去。
人们只注意到了长庚医院的高效率，但很少注意到高效率背后隐藏的网络化管理机制。多年来，为谋求永续经营，长庚医院已将各项医疗事务等全面计算机化，彻底实现了在线作业与在线管理。管理层深刻认识到，唯有具备良好的管理基础，才能使企业的经营根基趋于稳健，进而提升经营水平。
长庚医院实际作业的流程是，当病人交完费来到药房取药时，他会发现他的药早已经摆在柜台上。此时他需要做的只是轻轻地抬起胳膊，把绕在手腕上的条形码对准扫描器，在听到提示音即可离开，一点也不浪费时间。在病人川流不息的院区内，长庚医院的医护人员总是在等病人，而不是病人在找医生。如果病人在等，计算机就会提醒个不停。若再无人理会，那么计算机将会把信息再转换成异常情况呈报主管。一旦被列为异常，那么行政中心的幕僚就会出现在现场，不经过几番检讨是不会罢休的。幕僚会按照程序追踪到每一次异常发生的源头，然后再回头检讨是否是制度存在漏洞。当制度的漏洞被堵住之后，这些幕僚还要再监督制度的运行效果是不是更好。如此反复，长庚医院的管理又开始了新一轮的运转。
