不过，俄罗斯联邦安全局局长斯捷帕申和内务部部长叶林则根据叶利钦总统的指示精神——天知道是理解还是误解，迅速地组织起一个临时应急小组——“解救人质委员会”。在处理整个人质危机过程中，解救人质委员会始终口气坚决，态度强硬，绝不轻易向恐怖分子妥协屈服。他们从莫斯科专程调来精锐的伞兵部队和反恐特种部队——“阿尔法”，将整个布琼诺夫斯克，尤其是关押人质的医院，围了个严严实实，水泄不通。
6月17日凌晨4时，解救人质的反恐行动正式开始。“阿尔法”特种部队一马当先，对占据医院的恐怖分子发起迅猛的攻势，枪声大作，惊破了沉寂的夜空；飞弹如雨，如流星般往来穿梭。短短数百米距离，每前进一小步，都要承担巨大的危险，付出鲜血和生命。经过4个半小时的激烈攻坚战，天明之时，特种部队终于攻占了医院大楼底层。凶残的恐怖分子恼羞成怒，决意报复，他们动用现代化武器，对手无寸铁的人质大开杀戒，人质伤亡惨重：70多名人质倒在血泊中，一动不动；另有70多名人质身受重伤，发出痛苦的呼叫。担任主攻的“阿尔法”特种部队和内务部部队也有伤亡，他们分别牺牲3人和7人，负伤者更多。战斗非常残酷，时断时续。
下午14时20分，解救人质委员会又组织起第二次突袭，目标是夺取医院第二层楼。双方明枪实弹，战斗更为惨烈，整整一个小时，仍然强攻不下。此时，二楼突然燃起熊熊大火，人质的生命受到严重威胁，解救人质委员会被迫下令再次停止进攻。更为叫人揪心的是，此时，人质死亡已达100多名。
坐镇莫斯科遥控指挥的俄罗斯总理切尔诺梅尔金被如此多的人质的鲜血所震慑，他心急如焚，却也别无良策。他只感觉到，生命高于一切。于是，他咬咬牙，决定不管叶利钦总统反对还是赞成，必须与恐怖分子坐下来谈判，和平解决人质危机。一句话，不能让那些无辜的平民再流血了。
6月18日凌晨2时40分，切尔诺梅尔金总理与恐怖分子头目巴萨耶夫直接通话。为了取得对方的信任，总理将好几家媒体请来办公室，同意将自己与巴萨耶夫之间的谈话内容现场直播，知晓天下。
切尔诺梅尔金说道：“现在，我是在与沙米尔·巴萨耶夫通话……首先，请对方停止射击，好吗？只要我们还在通话，只要我们在通话后准备采取相应的措施，就不要射击，好吗？大众新闻媒体的一些代表在聆听我们的谈话，他们会监督我今天的承诺是否在日后能得以执行。我准备发表声明，现在就下命令，停止在车臣的战斗行动和轰炸，怎么样？你们还需要多少时间商量？沙米尔·巴萨耶夫，我现在还在总理的职位上，我要为今天的承诺全权负责。请告诉我，你们还需要商量多长时间？……上午10时，行吗？希望不要等到上午10时，我认为，上午8时达成协议是最合适的。”
此时，布琼诺夫斯克市医院的枪声暂时停息了，就像球场上的火爆的比赛暂时停止一样，这可怕的寂静中弥漫着一股浓浓的血腥味，又预示着随时可能再出现刀光剑影。
事态十分紧急，叶利钦总统已定于当天上午返回莫斯科，切尔诺梅尔金有意将此次电话谈判推迟到中午。总统专机尚在路途，还未进入俄罗斯领空，切尔诺梅尔金与强力部门的几位负责人迫不及待地赶到机场，希望总统一下飞机，就作出明确的指示。
或许是机场汇报的结果并不尽如人意，上午11时，切尔诺梅尔金再次与巴萨耶夫通话，对方明确提出了释放人质的必要条件。主要内容有三：
（1）立即停止俄罗斯军队在车臣的战斗行动；
（2）开始同车臣前“总检察长”乌斯曼·伊马耶夫以格罗兹尼名义率领的车臣代表团谈判；
（3）提供帮助非法武装分子撤离的交通工具。
巴萨耶夫在电话中强调，如果能满足上述条件，他们将首先释放人质中的妇女和儿童各100名。但切尔诺梅尔金希望巴萨耶夫立即释放全部妇女、病人和儿童。他说，几小时后，俄罗斯方面就可下达在车臣全面停火的命令。
切尔诺梅尔金与巴萨耶夫断断续续地经过4次通话，前后共达10小时，反反复复，讨价还价。最后，切尔诺梅尔金被迫作出重大让步，他以俄罗斯政府的名义保证，立即从车臣撤军，并与杜达耶夫直接谈判，解决车臣一切问题。人质获释后，俄联邦政府保证巴萨耶夫及其同伙全部安全撤离布琼诺夫斯克，平安返回车臣。
6月19日凌晨4时30分，切尔诺梅尔金通过电话正式告知巴萨耶夫，联邦政府已经通过俄军驻车臣联合部队司令库利科夫上将下达了命令：从18日20时起，在车臣全境停止战斗行动。巴萨耶夫也通知切尔诺梅尔金，他们将释放大部分人质。
同日，两个重要的谈判在俄罗斯与车臣之间紧锣密鼓地平行进行：一个谈判在布琼诺夫斯克进行，俄方主要代表为俄联邦内务部部长叶林和斯塔夫罗波尔边疆区内务局局长等，双方协商处理人质事件的后续工作，即何时何地释放所有剩下的人质，以及以何种形式安排巴萨耶夫为首的恐怖分子安全撤离布琼诺夫斯克。另一个谈判在车臣首府格罗兹尼进行，俄罗斯联邦方面的代表为米哈伊洛夫，车臣方面的代表为杜达耶夫的“总检察长”伊马耶夫，主要内容为和平解决车臣问题。为体现谈判的公平和公正性，双方协商，将谈判地点定于欧洲安全与合作组织驻格罗兹尼代表处。
下午4时，格罗兹尼和布琼诺夫斯克两地的平行谈判都达到了预期的效果。根据谈判双方达成的协议，俄罗斯联邦政府组织一个庞大的运输队，由15辆汽车组成。他们分别是：7辆公共汽车、1辆冷藏车、1辆救护车、两辆国家汽车检查局的轿车、4辆新闻记者乘坐的大巴，浩浩荡荡，驶离愁云惨淡的布琼诺夫斯克。车上乘载90名恐怖分子，其中包括17具尸体。另有114名自愿者人质，他们以自己的生命担保，负责把恐怖分子送往安全地带。这些可敬的人质中，包括斯塔夫罗波尔边疆区行政当局的各级官员、9名国家杜马议员、16名新闻记者，以及一些汽车驾驶员。
即便如此，这个交易过程也十分脆弱，如履薄冰。车队出发前，细心的巴萨耶夫要求俄罗斯当局再次确认撤退路线，保证其生命安全，他还向现场最高长官索取了安全保证书。俄罗斯内务部的特工在巴萨耶夫乘坐的轿车上偷偷安放了催眠瓦斯罐，但被经验老到的巴萨耶夫发现，整个停火与交还人质的协议差点付诸流水，造成新的流血事件。路途中，恐怖分子们一个个小心谨慎，他们先后两次停车，等候先逃出布琼诺夫斯克的同伙。车上众人质目睹此情况，感叹唏嘘：俄罗斯在车臣边境布下雄兵数万，恐怖分子居然敢在他们的眼皮下如此放肆，自由自在。
6月20日19时20分，这个良莠混杂的大车队逶迤到边境小村赞达克，在那里，俄罗斯警方与巴萨耶夫进行最后的交割。此处距离达吉斯坦不足4公里。一小时后，巴萨耶夫率领其疲兵败卒，飞快窜入达吉斯坦，消失在深山老林之中。800多名人质也全部获释，平安无事。
布琼诺夫斯克恐怖事件总共经历了6天6夜，126名人质失去生命，200多名人质受伤，巴萨耶夫恐怖分子在布琼诺夫斯克造成的直接经济损失，高达1710亿卢布。俄罗斯政府在作出重大让步之后，才勉强救出剩下的数百名人质。
布琼诺夫斯克恐怖事件不仅使车臣非法武装分子获得了难得的喘息之机，同时，在俄罗斯也引发了一场强烈的政治地震，为了拯救数百名人质的生命，切尔诺梅尔金政府付出了从车臣撤军的巨大代价，批评的声浪一潮高过一潮。
事件结束的第二天，即6月21日，俄罗斯国家杜马召开紧急会议。他们众口一词，厉声指责：4万名国家正规军竟然制服不了一个小小的车臣，实在让人费解。此外，上百名恐怖分子竟然能携带火力强劲的现代化武器，自由出入俄军严密的封锁层，穿越一道又一道边关哨卡，神不知、鬼不觉地深入俄罗斯境内100多公里，潜入布琼诺夫斯克，制造如此惊天大案，焉能不使人怀疑政府和军队的能力？人质事件发生后，政府采取的应对措施也极不得当，以至于酿成惨剧，伤亡重大，影响极坏。
议会代表集中炮轰国防部长、内务部长和安全局长，批评他们严重失职。6月21日，国家杜马对政府进行不信任表决，以241票赞成、72票反对、20票弃权的结果，通过了对政府的不信任案，同时，议会还以多数票建议总统撤销国防部长格拉乔夫、内务部长叶林和副总理兼民族事务部长叶戈罗夫的职务。
俄罗斯媒体更是活跃异常，不甘寂寞，对布琼诺夫斯克恐怖事件的报道铺天盖地，言辞激烈，大肆渲染。军方喉舌《红星报》尖锐地指出：恐怖分子“整支部队攻占城市，冲击政府大楼，枪杀和撞死路人，扣押上千名病人为人质，这已经是一场战争，一场侵略……国家根本没有充分认识到这场新的威胁，也没有对击退它做好准备。不是一个、两个，而是200个手持大口径机关枪的恐怖分子在俄罗斯土地上通行无阻，进入纵深100多公里的布琼诺夫斯克。当他们开始按自己的计划行动时，才被发现。如果他们攻击的不是只有5万居民的布琼诺夫斯克小城，而是拥有数十万、数百万居民的大城市，如斯塔夫罗波尔、罗斯托夫甚至莫斯科，如果恐怖分子驾驶‘卡玛斯’汽车飞驰进入红场，横冲直撞，那将发生什么惨剧？”
迫于各方面的压力，1995年6月29日，克里姆林宫里召开了布琼诺夫斯克人质事件专题会议。遗憾的是，直到事件结束之后，一些重要的事情仍未弄清楚。例如，恐怖分子究竟出动了多少人马？部分恐怖分子事先是如何进入市区的？大口径的武器和大量弹药是如何得到的？对布琼诺夫斯克的恐怖袭击是巴萨耶夫恐怖计划的全部，或者仅为一起更大阴谋的某一部分？尤其令人愤慨且不可思议的是，俄方对自己的情况也各说不一，例如，是谁下令进攻医院的？
反对派的尖锐指责和媒体的猛烈批评不无道理。国防部长格拉乔夫被迫在会上做出沉痛检讨，并提出辞呈。尽管叶利钦总统否决了国家杜马对政府提出的不信任案，但却难以保住几位部长的职位，迫于无奈，他只好忍痛割爱，舍车保帅，接受了副总理兼国家民族事务委员会主席叶戈罗夫、内务部长叶林、国家安全局局长斯捷帕申和斯塔夫罗波尔边疆区行政长官库兹涅佐夫的辞呈，勉强保住了国防部长格拉乔夫的职位。
三、“孤狼”大闹基兹利亚尔
布琼诺夫斯克事件之后，俄车双方出现了短暂的平静。6月19日的俄车谈判，双方似乎达成了某些妥协：俄罗斯方面停止对车臣使用武力，车臣各派政治力量均可参加在车臣举行的自由选举；选举结束后，再讨论车臣未来的政治地位；车臣方面则承诺与俄方交换战俘，收缴民间私藏的非法武器，停止恐怖活动等。但是，双方在根本立场上，却相距甚远。例如，对于车臣未来的政治归属，俄联邦政府坚持车臣必须留在联邦范围内，可以自治，但绝不能独立。而车臣方面则坚持要脱离俄罗斯，成为独立的主权国家。在杜达耶夫的去留问题上，俄方提出，杜达耶夫不能参加车臣选举，而且必须离开车臣和独联体国家；车臣方面却认为，杜达耶夫是车臣合法的民选总统，是车臣的“民主改革之父”，决不能离开自己的国家。杜达耶夫本人也表示自己无意出国。这些观点针锋相对，水火难容，无法妥协，无法调和。平静注定是短暂的、虚假的，其背后蕴藏着更大的狂风暴雨。
同时，纸面上达成的协议，执行起来也非常困难。例如收缴枪支，刚开始，车臣官方还能收到几十支破枪，但几天后，就一支也收不到了。停火大事则更难实现。车臣早已是全民皆兵，白天，武装分子换上便衣，是俄罗斯联邦的顺民；晚上，月黑风高，他们便拿起武器，进行恐怖和犯罪活动。兵民难分，兵匪难分。俄罗斯军人常常挨黑枪，毫无还手之力。俗话说，天无二日，国无二主，但车臣首府格罗兹尼却存在双重政权，白天是俄军的天下，夜晚则是杜达耶夫武装分子掌权。不独不统，不战不和，进亦忧，退亦忧。这就是叶利钦总统每时每刻都必须面对的车臣困境。
当时，杜达耶夫已被俄军赶入深山，近半年时间里，车臣没有任何权威领导人，出现了权力真空。整个社会经济萧条，秩序混乱，走私军火，贩卖毒品，哄抬物价，尤其是凶杀、暴力等恐怖活动甚嚣尘上，随处可见，民不聊生，怨声载道。如不迅速扭转这种局面，必将引起车臣人民，乃至感情上倾向反对车臣独立的人们的强烈不满。叶利钦总统认为，如果能在车臣建立一个地方合法政权，就给杜达耶夫的旧政权来了个釜底抽薪，使之自然沦落为非法政权。如是，肆意猖獗的杜达耶夫手下的武装自然也就成了非法武装，为孤立和打击他们奠定了坚实的社会基础。加上叶利钦总统一贯态度强硬，坚决反对与恐怖分子对话谈判，姑息养奸。再则，1996年是俄罗斯大选年，各种政治力量的角逐已拉开序幕，如果叶利钦能成功地解决车臣问题，自己的政治天平上就会增添一只重量不菲的砝码。
但是，谁合适出任车臣的政府首脑呢？谁能充当既能使车臣百姓臣服，又能让俄罗斯联邦政府放心的政治领袖呢？
经过认真思考和反复权衡，前车臣苏维埃主席扎夫加耶夫成为莫斯科最满意的人选，他是杜达耶夫的老冤家死对头。11月1日，俄罗斯驻车臣地区管理局宣布，恢复1991年被杜达耶夫搞垮的车臣最高苏维埃，选举扎夫加耶夫任车臣政府主席，以恢复和平，振兴经济。
扎夫加耶夫出山伊始，立即表现出谦谦君子风度，他发布公告，邀请杜达耶夫走出深山，共谋振兴车臣大计。但是，老奸巨滑的杜达耶夫并不领情，严词拒绝。随后，扎夫加耶夫又以车臣国家元首的名义，与俄罗斯总理切尔诺梅尔金、俄罗斯总统驻车臣全权代表洛博夫签署了车臣在俄联邦内特殊地位的协定，规定车臣共和国有权参加国际交往和对外经济联系，并可以制定自己的宪法和法律。
12月17日，车臣大选如期举行。叶利钦总统发布特赦令，宣布凡放下武器的车臣非法武装分子，都可以得到赦免，并受到联邦政府法律的保护。尽管杜达耶夫分子拒绝合作，扎夫加耶夫最终仍以90%的绝对多数票当选为车臣国家元首。不过，所谓90%的选票，据说多数来自驻扎在车臣的俄罗斯士兵。因此，整个选举的公正性自然会受到怀疑。扎夫加耶夫虽然名正言顺地就任车臣总统，但在不少车臣人心目中，杜达耶夫依然是唯一合法的车臣总统，占有重要的位置。
