与土著联军一战后，方有德下令部队休整。休整一天后，他将部队以连营为单位，分头对附近的山林进行搜索，经过3天时间的猫抓老鼠。
方有德终于将逃窜的土著联军全部歼灭或者抓捕回来，但是对于熟悉丛林的土著士兵，东亚军付出了不少代价。为此3百多人受伤，近百人阵亡。看到伤亡报告，方有德沉思了起来，相对于平原山区作战，对火炮依赖较强的东亚军在无法运用大型火炮的丛林中，战斗力大打折扣。
虽然仍是比土著军强上很多，但还是出现了弱点。而南洋地区别的没有，就是丛林到处都是。所以他决定等这里结束后就回去和江熊商议，加强东亚军在丛林中战斗的能力。
1629年7月，经过棉兰老岛之战，南洋各地的土著势力人心惶惶，各个收缩势力加强军队，但是再也没有人继续侵扰菲律宾诸岛了，连以前上蹿下跳的荷兰人也沉没了下来。
平淡的度过了3个月后，江熊等人接到了黄子玉的命令。经过夏收以及半年多时间的积累，东亚帝国终于解决了物资不足的问题。于是黄子玉派遣了新组建的第4师，在第1舰队的运输下来到南洋与第1，3师一同进攻南洋诸岛。
此次作战，黄子玉不仅要求江熊等人要尽快消灭南洋诸多土著势力，而且还有他们趁机将荷兰人一起消灭。根据欧洲商人那里获得的消息，荷兰议会已经决定出兵了。而且是派出大军，甚至连一败再败的西班牙人也在自大的腓力二世的要求下，也再次派遣了一支舰队，而且过不了几个月就将抵挡亚洲。
于是黄子玉不再对荷兰人客气，打算将巴达维亚的荷兰人先消灭。在与荷兰援军和西班牙舰队海上对决，将他们全部送入海底。
1629年7月15日，在海上航行了近10天左右，东亚军第4师和大量物资在第1舰队的运输下抵达了马尼拉。与江熊等人庆祝了一下，第二天诸人就开始商议进攻南洋诸岛的计划。在马尼拉指挥部，江熊坐在首位，李云等人分坐两边，江熊是黄子玉任命的南洋战场的总指挥，负责对南洋战场的指挥。
众人落座后，江熊首先开口说道：“各位，陛下要求我们尽快占领南洋，并且消灭荷兰人。而且得到消息过不了几个月荷兰人和西班牙人的舰队就将抵达亚洲，与我们开战，这一次与他们的战斗将是一场大战。荷兰人派遣了一支100余艘的舰队，西班牙人也派遣了一支近百艘的舰队。所以为了能取得大战的胜利，我们要先消灭巴达维亚的荷兰人，使他们的远征舰队没有地方补给，而且要尽量快的将南洋诸岛全部占领，并且掌控住。所以大家都说说我们该怎么做。”
听了江熊的话，大家也有些凝重起来，虽然不害怕他们的远征舰队，但是他们的数量太多了，两支舰队加起来到达200多艘战舰。虽然夏级战舰很强大，但是毕竟数量较少只有40多艘，想要消灭敌人，只能慢慢的蚕食他们。
“老熊，我建议我们先集中全力攻打加里曼丹岛，消灭岛上的土著势力，在分兵攻打其他岛屿势力以及马六甲海峡周边势力，最后在消灭荷兰人，占领南洋诸岛，以及马六甲海峡周边地区，在派出老李他们的舰队与荷兰人和西班牙人的舰队作战。”方有德建议道。
“没错，就算我们一时无法打败他们的舰队，也可以将他们引诱到陆地上将他们消灭。”其他人也附和道。
“好，那我们就先进攻加里曼丹岛。现在菲律宾诸岛已经被我们完全掌控了，反抗势力都被消灭干净了，只要有守备军留守就够了。所以第1师也可以全部参加进攻。我们兵分三路，第1师进攻苏禄，第3师从棉兰老岛出发进攻加里曼丹岛南部诸国，第4师进攻北部诸国，完全占领加里曼丹岛后，在分别进攻其他诸岛，大家都去准备吧。”江熊决定道。
经过2天的准备，17号上午，三路大军分头出击。在海军的帮助下，江熊率领的第1师最先在苏禄登陆，也正式打响了进攻加里曼丹岛的第一战。
在第1师登陆苏禄不久，另外两路大军也纷纷在南北两部登陆。在第4师到达马尼拉后，南洋的各个土著势力和巴达维亚的荷兰人都收到了消息，他们也开始纷纷召集军队准备抵抗强大的东亚帝国。
巴达维亚也对东亚帝国的这一次进攻和关注，他们还不知道，他们也成为东亚军的攻击目标了。虽然不知道，但见东亚帝国开始对土著势力发起进攻，出于自保他们也将军队集结了起来，并派出舰队不停的在海上巡逻。
他们已经收到国内的消息了，对于敢挑衅荷兰共和国的东亚帝国，议会决定派遣大军攻打他们，让他们知道荷兰共和国的厉害，也为了保证荷兰在亚洲利益。
而且他们还收到，西班牙人也再次出兵的消息。于是科恩想到了联合起来一同攻打东亚帝国，相对于国内，在巴达维亚的他对东亚军和舰队实力还是有一点了解的。光光依靠荷兰舰队想要打败他们还是有一定困难的，到时要是双方两败俱伤，不就便宜了西班牙人？
所以他给远征舰队司令官发去了一封信，让他们与西班牙舰队联合起来一起攻打东亚帝国，等打败了东亚帝国，到时再收拾了西班牙人，他们就将称霸整个南洋，甚至依靠南洋攻打明国。想到这里，科恩忍不住的笑了出来。
对于他的想法，能够实现荷兰当然获得难以想象的好处，但是事实真的会向他想象的方向发展吗？这只有老天知道。
江熊于17号下午在苏禄（今天的哥打基纳巴卢附近）登陆，经过短暂休整后，直接对苏禄王国发起了进攻。虽然苏禄军依靠丛林也进行激烈的反抗，但是经过方有德提醒的江熊对丛林战，东亚军都进行特训，虽然还是不能完全适应，但伤亡率却大大下降了。
在第1师的猛攻下，苏禄军纷纷退往首都和乐。20号经过再次休整的东亚军第1师，在江熊的率领下包围了苏禄王国首都和乐。双方激战了1个多小时，2万苏禄军死亡3千余人，和乐也在第1师的炮火下燃起熊熊大火，最终苏禄素丹哈巴玛喇选择投降，结束了苏禄之战，苏禄也成为被消灭的加里曼丹岛的第一个土著王国。
在和乐进行了休整了一天，并派人将苏禄的素丹和官员全部押送到了马尼拉，江熊又再次命令军队出发，与第4师前后夹击勃泥国。第3师也在方有德的率领下，扫灭了加里曼丹岛南部的大量土著酋长国和小势力，开始向加里曼丹岛北部进攻。
只有第4师因为组建不久，又对南洋的热带丛林不怎么适应，进展不是很顺利。战士们在茂密的丛林中吃了不少苦，又是毒蛇猛兽，又是各种毒虫，还有时刻小心勃泥国士兵的攻击，虽然携带了大量的药物，但还是有不少非战斗减员。
虽然环境艰苦，但是第4师的官兵们也不会轻易认输，跟何况组成第4师的骨干是第4团，第4团的士兵可是一直在台湾东南部山区作战，他们对于山地丛林战也是有很多经验的，虽然没有这里条件艰苦，但他们还是坚持了下来，并且不断的将勃泥军打败。
在丛林中征战了10多天的第4师终于在28号与从东部进攻的第1师在渤尼国首都汇合，并联手包围了国都。被2万多东亚军包围，勃泥素丹很干脆的带着官员们出城投降。虽然是加里曼丹岛最大的王国，都城也有上万居民和2万多军队，但是面对强大的东亚军，他还是选择了保住小命，出城向东亚军投降。
再次消灭了一个国家后，休整了3天。黄海涛率领4师向西北方向的沙捞越地区进攻。而江熊则率领第1师进攻加里曼丹岛中部。
加里曼丹岛之战一直持续了1个月，东亚军分3路进攻，消灭小势力10余个。而苏禄勃泥等大势力也有3个，剩下的土著势力纷纷逃离加里曼丹岛，前往周边的其他岛屿，大量的土著也纷纷跟随他们逃走。
而加里曼丹岛的华人则兴高采烈的欢迎东亚军，他们终于也可以像菲律宾的华人一样，享受到军队和政府的保护了，不再是无人问津的弃民。
加里曼丹岛之战，不仅消灭了大量土著势力，还缴获了大量物资，其中缴获的火枪等武器，江熊全部下发给当地华人组成的民团，又从这些华人中招募一批守备军，从马尼拉调来一批火枪等装备武装他们。
毕竟黄子玉的命令是占领整个南洋，所以他们的主力军不可能一直驻守在这里，所以只能在菲律宾点来一些守备军，在和这边招募的守备军混编，让他们有一些战斗力，毕竟大股的土著已经被他们消灭了，这些守备军对付小股土著还是没问题的。
至于菲律宾调走的守备军则一部分从菲律宾地区的民团中挑选一部分，在从加里曼丹岛招募的守备军中调一批过去。至此加里曼丹岛被纳入东亚帝国版图，也成为东亚军继续攻略南洋诸岛的新落脚点。
