得知了台湾军已经攻陷了圣费尔南多，众人也没有再继续玩乐下去，纷纷起身离开匆匆回家。官员们也接道阿库尼亚的命令，纷纷赶到会议室开会。见众人都沉默不言阿库尼亚开口说道：“相信大家也听到了，弗雷德的海军很可能已经失败了，现在台湾人已经在圣费尔南多登陆，要不了多久很可能就会打到马尼拉来，诸位有什么办法守住马尼拉打败台湾人吗？”众人听了后还是没人发言，毕竟大家都明白现在的形势。
弗雷德带走了几乎所有的战舰，只留下几艘老旧的小型战舰，依靠他们显然是无法打败台湾海军的。虽然整个菲律宾还有接近3000人的陆军，和几万人的仆从军但是要想打败台湾人几乎不可能。他们可不是西班牙议会的官员不了解台湾军的实力，他们对台湾军的实力可是很清楚的，就是荷兰人也在台湾军的手上吃过亏。所以众人都没有说话，因为他们也没有办法。
见众人还是不说话，阿库尼亚只能点名道：“罗斯特你是守备官，你觉得我们能够守住马尼拉，打败台湾军吗？”罗斯特见阿库尼亚对自己说话，又看了看脸色阴沉的阿库尼亚，他也知道不说点什么肯定是不行了，于是站起来说道：“以我们的实力想要打败台湾军几乎不可能，我们现在只剩下几艘老旧的小型船，想要打败势力强大的台湾海军是不可能的。现在唯一能做的就是将各地的军队集中起来，打败登陆的台湾军，只要我们能够战胜或者僵持住，到时再派人跟他们和谈，或许还能保住菲律宾和马尼拉。”
听了罗斯特的话，阿库尼亚点了点头对其他人说道：“其他人还有没有别的看法。”众人你看看我我看看你都摇了摇头。见众人都没有其他办法，阿库尼亚接着说道：“既然大家都没有其他看法，那就依照罗斯特阁下所说的做吧，现在大家都去准备吧。”众人纷纷起身离开，阿库尼亚又叫住了罗斯特商议了一下计划。商议完后，罗斯特也离开总督府调集军队去了。
1天后，很快接道总督命令的各地西班牙军队和仆从军都集结到了马尼拉，并在罗斯特的指挥下修建工事，准备抵御台湾军。各地的西班牙人，也纷纷携家带口的逃进了马尼拉城。与西班牙人的紧张不同，李云和江熊的两路大军却是势如破竹，一路上攻城拔寨轻松不已。所到之处的土著势力要么跑的无影无踪，要么就是在猛烈的炮火下迅速溃败。与心惊胆战的土著不同，各地的华人则是兴高采烈。
在台湾军进攻南洋之前当地的华人不仅要被西班牙人压迫，还经常遭受土著的侵害。每天过的提心吊胆，但是现在他们终于可以安心了，台湾军不仅打败了西班牙人，还灭了土著势力。使得他们终于感受到被军队保护，不再是****弃民了，他们也终于有了依靠。
几天后，两路大军在当地华人的引导下在圣何塞汇合。而李云也率领海军绕道马尼拉湾，从海上进攻马尼拉。江熊则率领大军从陆路向甲万和奎松等地，直扑马尼拉而去。由于将军队都调往了马尼拉，江熊等人也没遭遇什么抵抗就轻松的带着大军来到了马尼拉城外。这时李云也率领着海军也到达了马尼拉外海，城内的西班牙军也修建好了简易的防御工事，双方的大战一触即发。
休整了一天，并于李云取得联系，定好攻击计划后，江熊命令1团正面进攻，4团和5团包围整个马尼拉。江熊站在一个小山坡上用望远镜看了看对面城外防御工事内的土著仆从军和城上的西班牙军，对身边的1团长刘刚说道：“我将进攻的任务交给你了，你可不要让我失望。”“师长放心吧，一天就一天时间我肯定给你把它拿下来。”刘刚保证到。“好，那我就看你的了，下去准备吧。等炮火结束你们就开始攻击。”说完对着传令兵道：“你去传令炮兵开始攻击。”“是，师长。”
很快后方的炮兵纷纷开炮，呼啸的炮弹声此起彼伏。一枚枚炮弹纷纷落在城外的防御工事和城墙上，响起一阵爆炸声。一些西班牙士兵和仆从军士兵都被炮弹炸成碎片，一些则被爆炸的气浪冲上天，或者被弹片击中杀死或者击伤倒地哀嚎。战斗一开始，西班牙军和土著仆从军就被台湾军的炮火一下打蒙了。他们从来没见过这么这么强悍的炮火攻击，都惊呆了。在战斗前江熊已经将3个团的野战炮全部集中了起来，统一为主攻的第1团提供火力。
由于台湾军使用的都是线膛炮，炮弹也是锥形弹头的柱形炮弹，射程远超西班牙人的大炮，所以只能被动挨打，毫无反手之力。爆炸烟雾散去，地面和城墙上留下了一个个深浅不一的弹坑。罗斯特看着这些弹坑脸色发白，他知道台湾军火力厉害，但他不知道居然会这么厉害，对于这一战他已经开始感到绝望了。很快新一轮的炮弹又飞了过来。爆炸声不断响起，城外的仆从军已经完全在台湾军的炮火下崩溃，士兵们纷纷向城门涌去企图逃回城内。城上的西班牙军士兵也在炮火下，纷纷躲到了墙后。刘刚见此马上下令士兵发起进攻。
整装待发的1团士兵们等到团长的命令，纷纷拿起步枪开始冲锋。见步兵开始冲锋，江熊命令炮火引伸以免误伤。很快一枚枚炮弹落入城中，在城内响起一声声爆炸和城内居民惊恐的叫声。战争从来都是残酷的，不管是当兵的还是普通人都随时可能丢掉性命。很快1团的士兵就冲到了城下，这时城墙上的西班牙军也纷纷冒出来向城下射击。双方你来我往，战斗进入枪战。
由于台湾军已经装备了后膛枪，而西班牙军还在使用老式的火绳枪，不管是射程还是杀伤力以及精准度都相差太大。只见西班牙军士兵不断有人被击毙击伤，而他们虽然占据了城墙，微微提高了射程。但是根本就无法击中远处的台湾军，只有冲到城门下的部分台湾军被击伤，直接击毙的少之又少。虽然遭受了西班牙军的攻击，但是1团进攻的士兵并没有停止，反而加快了速度，撵着土著仆从军的屁股杀进了城里。
冲进城后士兵们纷纷反身向城墙上的西班牙军和慌乱的仆从军开枪，手榴弹也纷纷向他们扔去。被攻进城内，罗斯特知道一切都完了。他实在没想到台湾军的实力如此强大，不仅火炮比他们强，就连火枪也是相去甚远，或许从一开始就不应该招惹这么一个强大的对手，以台湾军表现出来的实力不管是他们还是荷兰人，甚至整个欧洲都没有一个是他们的对手。一个新兴的东方强国已经开始崭露出了它的獠牙。
指挥这士兵退下城墙的罗斯特想清楚后，绝望的退回了城中，他知道马尼拉守不住了。在陆军开始进攻后，海上的李云和陈武也命令舰队炮轰港口，进攻马尼拉。虽然是海军，但士兵们也装备了火枪和手雷等武器，很快他们就攻陷了港口，开始对马尼拉城发起进攻。虽然城外的土著仆从军在西班牙军官的命令下，向海军士兵发起了反击，但都被打退，只留下一地的尸体和受伤倒地哀嚎的土著士兵。
海军士兵打退了他们的进攻后迅速的扑向了他们的防线，很快防线就被海军夺取。溃逃的仆从军纷纷向城门跑去，打算逃回城中。而李云指挥的海军士兵见此机会，也同1团一样撵着他们杀进了城内。两座城门失守，城内的西班牙人都慌了手脚。他们不明白原来强大的军队，怎么这么快就被敌人打败了。
占领2座城门后，为防止城内西班牙人逃跑，江熊下令佯攻的4.5两个团分别占领两座城门，彻底将他们包围在城内。很快两座城门也被炸塌攻陷，西班牙人已经彻底被台湾军包围。城内的总督府内阿库尼亚等人接到一个又一个城门失守的消息，心也越来越凉。他们和城内的西班牙居民一样不明白实力强大的军队，怎么这么快就被敌人突破了防线杀进了城内。同时也明白他们之前的构想已经不可能完成了，马尼拉马上就要面临失守，他们也很可能被敌人俘虏。
面对未知的命运，他们越来越焦虑不安。虽然西班牙军在巷战中顽强作战，但还是很快被台湾军使用手雷等武器击败，失陷的城区越来越大，很快剩余的1000多西班牙军就被包围在了总督府。面对实力强大的台湾军，也为了保住生命，阿库尼亚下令投降。持续了接近一天的战斗，台湾军以伤亡600余人海陆军为代价，歼灭1000余西班牙军和3000与土著仆从军。俘虏1500余人的西班牙军以及菲律宾殖民当局各个官员，还要近2万的土著俘虏和大量西班牙人居民，结束了这场马尼拉之战。
