鸡鸣寺有很悠久的历史，有说始于三国，有说始建于西晋，在汉朝时就有一个传说，说在远古时代，南京玄武湖边的九华山上，盘踞着一条十分厉害的蜈蚣精，能口喷数十丈毒火焰，经常喷火毒害百姓行人和牲畜，老百姓深受其害，苦不堪言。没办法附近的老百姓天天焚香祷告，希望上天垂怜，能派天兵天将把蜈蚣精给收了，终于天上的玉皇大帝知道了此事，根据相克属性，就派了在天宫中报晓的金鸡下凡，以金鸡来对付蜈蚣。金鸡领命后，到了凡间，果然当场见到了蜈蚣精站在九华山上喷射毒焰伤人，金鸡站在北极阁山顶，冲着蜈蚣精一声啼叫，蜈蚣精也被这震耳欲聋的啼叫声吓得匆忙逃脱，毒焰也散了，四散奔逃的人们缓过神来，只见北极阁山顶万道霞光，霞光中有一只金鸡昂首挺立，气概非凡。人们猜想到了，正是这只金鸡的啼叫声赶走了蜈蚣，驱散了毒焰。可是，不甘失败的蜈蚣精调整了状态后，又冲上山顶，疯狂地喷吐更浓的毒焰，金鸡站在北极阁山顶一见，飞奔过来，一口咬住蜈蚣精，经过一番搏斗，蜈蚣精被咬死，金鸡也因中毒太深而倒下了，而九华山下的大众免除了灾难。从此以后，人们为了纪念为民众除害的金鸡，便把北极阁山上的那座寺庙称为是“鸡鸣寺”。
济海法师当时云游四方来到这里，这里只是一个很小的供奉着金鸡的简单的土地庙，济海法师观眼四望，整座山脉蜿蜒延长如同卧龙，而主峰如同报晓的金鸡昂首挺立，形成了难得一见的龙凤呈祥格局，加之这里有山有水，云蒸霞蔚，是难得一见的佛教圣地，便在这里决定开山修庙，同时也保留对对金鸡的纪念，当时济海法师来到南京健康，还是在西晋年代，得到了历代帝皇的积极支持，一直到东晋都对鸡鸣寺十分支持。
传说济海法师刚来时，住在石洞里，每天卯时开始从石洞里出来，对着鸡鸣山峰开始大声讲经，讲着讲着周围的蛇虫都爬过来安静的听经，远方的鸡鸣山那鸡头竟然会频频点头，从此一传十，十传百，后来每天有老百姓开始自发过来听经，济海法师主讲《金刚经》和《楞严经》，一到已时那些百姓都自发跟谁济海法师捡石头，搬木头开始建设鸡鸣寺，这样的建设一共维持了十五年，哪怕外面战火纷飞，这里依然建设的十分火热，不受影响，附近的居民在济海法师的影响下，吃素念佛的居多。
当时在建设鸡鸣中有几个传说，一是当时有一个妇女十分贫穷，实在没有经济实力，但很想为建设庙宇做贡献，就翻箱倒柜找出一个十分小的如一个蜜蜂头般大小的金铃给送了过来，但当时因为济海法师十分繁忙，就聘用了当地几个能写会算的百姓作管事专门负责登记捐献事宜，那个崔管事一看，这么小能派什么用场就等那个妇女走了直接扔在地上了，当时那个崔管事负责建设的金鸡偏殿就是无法合拢，就差一个蜜蜂般的洞始终无法合拢，济海法师一算，一定是有人做了欺心的事，找来那个管事，在他原来办公的地下，找到被风吹雨淋已经埋得有指头般深的金铃，一合上去终于那金鸡殿合拢，后来那济海法师以此为例给大家讲道，教导大家莫欺心。
还有在建设毗卢宝殿又名大雄宝殿，为寺内主殿，殿内正**奉三身佛中的毗卢遮那佛（法身佛像）。两边供奉文殊，普贤二大菩萨，东西两旁供二十四诸天。在封顶典礼上，毗卢遮那的佛影显示上空，周边佛光普照，当时的瑞相都惊动当时的皇朝。
另外还有一个更神奇的传说，当时在建设当中有一个鹦鹉老来帮忙，每天帮忙来运小石子，济海法师就叫它念佛号：“南无阿弥陀佛！”那个鹦鹉每天除了搬石头就是念佛号，临终时，坚持飞到济海法师处，济海法师用葬和尚的方法，为它净身，梵音歌唱，并念诵《地藏经》，因为它是一鹦鹉，还为它念诵《往生咒》，做了七天法事后，按照佛教礼仪火化，那鹦鹉竟然烧出七颗舍利子来，当时周边老百姓十分震动.
