弘光帝一行慌不择路，一路西逃。先到坂子矶，听说黄得功已去了荻港，便马不停蹄，又朝荻港急赶。到了荻港，黄得功却不在大营之中。时已近子时，众人饥肠辘辘，便要帐下军士准备食物裹腹。伙房也不知这些人的来历，便将剩下的残羹剩饭端了上来。众人饥不择食，哪里还顾得上这么多。
黄得功招回追击左军的各部兵马，子时后方才回到大营。黄得功令亲卫将洪英、柳敬亭等人带去歇息，自己则走回大营。却见自己大帐之内灯火通明，心中诧异，急忙入内查看究竟。却见十余人围坐在一起，正风卷残云一般，狼吞虎咽。
弘光帝听帐外一阵脚步声，抬起了头，正好和黄得功的目光对上！黄得功大惊失色，跪拜在地下道：“皇上，您……您怎么来了？”
弘光帝嘴角上尚粘着几粒米饭，见到黄得功，想起这两日的委屈，忍不住放声大哭，道：“靖南侯救我！”
皇妃等人也纷纷落泪哭泣。
黄得功也忍不住掉了几滴泪，道；“皇上要臣去南京，只需遣使送一纸诏书即可，为何要以身犯险，亲临军营？”
弘光帝抹泪道：“南京危矣，是战是和，朝中诸臣计无所出，不发一言！清兵不日将兵临城下，却仍无一人登埤守城。朕如今能相信的，只有爱卿你一人了！万望靖南侯救我！”
黄得功大叹一声，顿足道：“唉！完了，完了！若皇上能下旨死守京城，军民便不会彷徨无措，军心更不会涣散，臣等方可顺势而为。奈何听小人之言，舍江山社稷而去？！如今弄得进退维谷，要我怎生是好？此乃皇上自误，非臣误皇上也！”
弘光帝急忙道：“都是卢九德那厮撺掇朕，说再不出逃，便陷于城中矣！黄爱卿，事已如此，你替朕拿个主意罢！”
黄得功摇头道：“若让军中将士们知道了皇上弃城而逃，士气定然低落，不可一战！何况臣营中将士不过数万，如何夺得回南京？大军若退，如今又能退向哪里？”
弘光帝道：“朕欲前去杭州，请爱卿率大军护驾。”
黄得功叹道：“也只能如此了！只是臣要带兵打仗，只怕分不了心照顾皇上周全，还要请皇上恕罪！”
弘光帝忙不迭地点头道：“靖南侯只需派亲卫护着朕便成，朕随大军一起行动，无需用心照顾，你专心军旅大事就好！”
黄得功见事已至此，只得默默地点了点头。见皇上等人已将食物等吃得干干净净，意犹未尽，唤帐外亲兵再去准备。亲兵低声道：“禀大帅，厨中已经没有菜肴了，还要等天明再去采买。”
黄得功瞪着眼，怒道：“没有了就杀马！没马就杀人！先给皇……宫中来的这些人弄饱肚子再说！”
南京城中。时江浙已更名为江南省，一国不可以有二京，多铎便将南京更名为江宁。
大明降臣们带着南京城中的耆老、诸生等正在给驻扎在城中的清兵惠赠牲畜、酒食等。赵之龙更是别出心才，将秦淮河畔所有的梨园、戏班全部请至各处清兵大营，将押箱底的节目逐套点演，好一派歌舞升平、军民鱼水情深的景象！多铎大悦，当众褒奖了赵之龙。正在此时，赵之龙的一名亲信匆匆入内，朝赵之龙耳语了几句。赵之龙大惊，朝多铎跪下禀报道：“王爷，城外探报，刘良佐已经拔营，率兵马十万，正朝南京开来！”
多铎挥了挥手，示意已经知道了。一曲终了之后，多铎拍掌叫好，吩咐手下前去打赏，方才回头道：“本王观刘良佐十万士兵，如同草芥！哪位大将愿意出马，替我擒了刘良佐？”
鳌拜闻声放下酒杯，站了起来，大声道：“王爷，末将愿率三百精锐，前去杀了这厮！”
多铎大笑，道：“好，好！只是最好要活的，不要死的！”
鳌拜道：“若王爷要活的，末将想借一个人。”
多铎道：“哦，你要借谁？”
鳌拜道：“末将要借杨孤寒一用！”
多铎笑道：“杨守备就在此间，你与他同去即可，不用向我来借。”
杨孤寒初投洪承畴，不到一年时间，便干到了正五品官员，官运实在是亨通。听多铎发话，便从席间站起，向多铎施礼告辞，与鳌拜并肩而去。
黄得功将各处将士从追击途中撤回，在荻港附近各处扎营，随即听到南京满蒙军骑兵在贝子吞齐、和讬率领下，大半出动，一路西进，离荻港已不到五十里。兵部尚书阮大铖既不在太平府，也不在芜湖，几天前就失去了踪影。诚意伯刘孔昭弃太平府，乘船逃走，刘良佐的部队听说也已拔寨而去，不知开往何处。如今南京外围就剩自己这几万人马，急忙令大军或乘船、或通过在小汊水面架设的浮桥，指挥大军赶快过江突围。
清军一名骑兵通常都配备二、三匹战马，交替骑乘，因此行军速度非常之快。一两个时辰后，黄得功的大军才渡过一半，前路便被清兵堵死，随后斥候来报，后路江口又被昂邦章京图赖夺去，数万人马陷在水网密布的荻港附近一带，动弹不得。黄得功本就有伤势在身，见已过江的前锋各营士兵在清军铁骑的冲击下四散奔逃，而中路大军只能隔江观望，心急如焚，一个健步上舟，抽出铁鞭，高举着大呼道：“兄弟们，随我冲过江去，狭路相逢勇者胜！”
未过江的将士们见黄得功亲自上阵，士气大震，纷纷跃上船，冒死朝对岸冲去！浮桥上的士兵也大声叫喊，冒着清兵如雨一般射来的箭矢和枪弹，前仆后继地向对岸冲锋！刚冲到一半，浮桥的铁链突然断裂，士兵们纷纷跌落水中，溺死无数！原来，黄得功军中的部将田雄和马得功两人早已同刘良佐密谋降清，一开始惧怕黄得功勇猛无敌，不敢下手，待黄得功所乘之船到江中之后，便开始叛乱。二人令士兵斩断浮桥，随即登上岸边弘光帝所乘之船，前去捉拿。弘光帝体型如猪，一人背负不动，于是田雄在前背着弘光帝，马得功在背后托举着弘光帝的双足，朝着清军阵营飞奔。弘光帝大哭，挣扎着道：“朕乃大明皇帝，你等皆大明臣子，你我君臣一场，今日为何要出卖朕？！”
田雄跑得气喘吁吁，道：“我二人之功名富贵，如今全靠你了！”
弘光帝奋力挣扎，哪奈何得了这两员行武出身、孔武有力的武将？挣扎不能脱身，便一口咬在田雄脸上，硬生生地撕下一块肉来。田雄疼痛难忍，却也不肯放下他。
黄得功手下其余将领见大势已去，也纷纷投降，丘钺、张杰、黄名等则劫持了皇妃和其他随行，献与清军。
黄得功在江中，冒死指挥部队冲向对岸，哪里知道背后一片大乱？只见江对岸，刘良佐正骑着马，往来奔驰，大声喊道：“虎山兄，降了吧，小弟保你功名富贵，决计不会在我之下！”
原来，刘良佐知清军兵临南京城下之后，便率十万大军朝南京而去，半途之中，听探马来报，南京根本就不曾抵抗，便让多铎入了城。正犹豫间，鳌拜和杨孤寒率三百清兵精锐迎头截住前路。鳌拜挥刀便要前去厮杀，杨孤寒高声喊道：“刘将军，明朝大势已去，你今日率兵前来，莫非不知天命，欲螳臂当车乎？！还不快快下马受降？”
刘良佐慌忙下马请降，令大军扎营，然后孤身一人跟随鳌拜、杨孤寒前去南京，并向多铎请命，前来擒拿弘光帝。
黄得功见刘良佐投降了清廷，大怒道：“好你个花马刘！你等着，看我黄得功怎么来收拾你！”吩咐船上的士兵们奋力划桨，却不料一只流矢斜刺里射来，正中黄得功的脖子。黄得功拔出箭，鲜血如泉一般喷射而出，心知已被射断动脉血管，自己必死无疑，但仍不露声色，一手紧紧捂住伤口，指挥船只冲上对岸。身边将士一个接一个地从他身边冲向敌人，黄得功身躯却慢慢瘫软下去，仰天长叹道：“没想到黄某纵横天下，如今却死于宵小之手！”将拔出的那支箭，奋力插入自己心口！
可怜黄得功忠心耿耿，却被叛徒出卖身死。后人赋诗叹曰：“荻港东来指赭圻，估帆亭处一鸥飞。大江小汊纵横入，蓼岸藤湾远近围。胜地不留浦客住，暮潮闲送夕阳归。黄公战处今残垒，凭眺休登板子矶。”
洪英率着百余僧兵，个个武艺高强，如猛虎下山一般，身后跟着数千将士，一路所向无敌，挡者披靡！冲过江后，在溧水三叉河间停了下来，聚拢溃兵，得兵二万。洪英将这两万兵马分为五营，每营三千，由蔡德忠、方大洪、胡德帝、马超兴、李式开各带一营，剩余五千将士编为中军，由洪旭统领。打退清兵尾随部队后，准备撤军南下杭州，半路又被多罗贝勒尼堪、护军统领图赖、固山额真阿山、固山贝子吞齐、和讬所率领的数万骑兵截住，双方在三叉河一带大战。刘良佐十万步兵随后赶到，切断洪英后路，洪英所部陷入重围。洪英亲率残兵突围，被清军枪炮所伤，伤重而死。僧兵们拼死方杀出一条血路，残部逃向杭州。
清兵从顺治二年四月开始，东、西两路协同作战，势如破竹，西路占领了湖北全境、江西大部，东路则占领了安微、江苏大部。一直盘踞在海上观望的刘泽清见明朝气数将尽，率近十万大军降清。明朝势力仅余浙江的鲁王和南下逃窜到杭州的潞王、唐王、以及两广的桂王等。清兵初进军时，两路大军兵力不过二十万，西路军得李自成降兵数万、左梦庚的降兵十三万，东路军得四镇降兵二十三万。清军兵力由入关时的十万人，发展到如今的近百万。
弘光帝被擒后，身着逃难时穿着的百姓布衣，被人用无幔小轿抬着从聚宝门进入南京城。弘光帝见满城百姓皆将鄙夷的目光投向自己，大惭，用手中油扇掩住脸面，皇妃等人则乘驴随后。夹路百姓纷纷唾骂，甚至有投石块瓦砾者。
弘光帝到南门后下轿，改为乘马，直至内守备府，多铎早已等待多时。见弘光帝被众人带到，却端坐不动。弘光帝看见豫王高高在上，不怒自威，双膝不由得一软，跪下叩头。多铎也不回避，端坐受之。随即命部下设酒于灵璧侯府，赵之龙与礼部八人前来侍宴。赵之龙等人与弘光帝目光回避，不敢直视。多铎招太子前来陪宴，却故意让宏光帝坐于太子之下。
酒酣之后，多铎问弘光帝道：“先帝有子在此，你不奉先皇遗诏，擅自称尊，这是为何？”
弘光帝羞愧不答。多铎又问：“你既然擅立，却不遣一兵一卒北上讨贼，一味偏安于此，真是无义至极！”
弘光帝垂下头。多铎依然不饶，追问道：“先帝所遗，只有太子，逃难远来，你不让位于他，反而污他为假，欲置之于死地，实在是无情之极！”
宏光帝满脸通红，恨不得找个地缝钻进去。倒是太子解围道：“皇伯用手札召我前来南京，却不相认；又妄改我姓名，极刑加身。此事皆乃马士英、阮大铖等奸臣所为，皇伯如何知道？此事与皇伯无关矣！”
多铎又道：“我部前锋方才过江，本王中军尚在扬州未动，你为何便弃城而走？是你自己的主意，还是别人撺掇于你？”
宏光帝不敢回答，汗流浃背，如坐针毡。好不容易等到席散，被投入狱中。
弘光帝被擒后，多铎遣使四处安抚江、浙各处，无锡、常州等地皆降。江阴、嘉定等地官员挂印出逃。
