经过飞夜多年的筹划，木叶现在的实力已经超过了木叶建村以来由三代执掌时的最高时期。飞夜已经就任火影一年多的时间，在这一年里飞夜密切关注晓的动静可是让飞夜担忧的是晓好像消失了一样完全没有任何消息。然而飞夜并不认为晓回老老实实的回家种地，他们一定是在准备着什么更大的阴谋。飞夜努力的回忆着记忆中的剧情，只隐约记得在自来也死后佩恩会袭击木叶寻找鸣人。可是现在自来也被飞夜救出，并没有死在雨忍不知道佩恩还会不会来木叶。
经过一年的平静，木叶又回到了以前的平静。这天飞夜正坐在火影办公室里喝闲茶，自从静音被飞夜从纲手那里“买”过来后飞夜一下轻松了不少。飞夜只需要在重大的事件上亲自佐助就行，而平时琐碎的事情飞夜一律放权给静音。正在飞夜考虑中午吃什么时，飞夜感应到木叶的村外来了七个具有相当实力的忍者。由于飞夜修行了仙人模式不断的吸收自然能量为己用，飞夜对自然能量异常的敏感，可以说整个木叶都笼罩在飞夜的感应之下。飞夜放下茶杯瞬间消失在办公室里。
飞夜来到木叶外围的警戒阵地正红看到佩恩将最后一名值班忍者杀死。飞夜警戒的看着佩恩，说：“佩恩，你竟然敢孤身前来木叶，我很佩服你的胆量。”
佩恩六道中的天道看着飞夜说：“哦，原来是你。没想到一年不见你竟然当上了火影。九尾人柱力漩涡鸣人在哪里？”
飞夜通灵出一只小穿云鸟放出到村子传讯避难，说：“哦，你认为我会告诉你吗？”
佩恩天道伸出双手，说：“既然谈判失败那只能手上见真章了。万象天引！”一股巨大的吸力以佩恩天道为中心散发出来。飞夜看穿佩恩天道想要阻止穿云鸟到木叶内传讯示警的目的，右手一扬千鸟刃瞬间刺向佩恩天道。这时能够吸收忍术攻击的轮回道来到天道面亲将飞夜的千鸟刃吸收殆尽。可是令佩恩吃惊的是轮回道吸收的只是飞夜的影分身所施展的徒有其表的千鸟刃。这时，飞夜瞬间出现在天道的面前，手中流云剑削向天道。天道眼中的瞳孔一放大“神罗天征！”将飞夜推出。飞夜飞在空中嘴角露出一丝微笑：穿云鸟已经借着天道的斥力瞬间飞向了木叶村内。不一会木叶内响起了示警的烟花和避难的声音。
佩恩看着飞夜说：“哼，看来是我小看了你。你总是给人很弱小的形象，可总会在敌人不经意见给人以致命打击。你这样的人才是最危险的人。”
飞夜没有理会佩恩的评价，说：“你们晓的头子宇智波斑呢？你认为就凭你能够从木叶将鸣人带走？”
“能不能只有打过才知道。上！”说罢佩恩六道的六人一齐攻向了飞夜。畜生道佩恩一下召唤出三头巨大的通灵兽，飞夜也对应的召唤出巨熊。飞夜瞬间打开写轮眼和仙人模式与六名佩恩战做一团。飞夜的速度比佩恩快许多，虽然佩恩有六人可是每次能够与飞夜交上手的最多只有两人。飞夜不断发挥自己速度的优势，从各种角度对佩恩发起进攻。飞夜不断躲避着能够发射飞弹的佩恩发出的飞弹。在飞夜和佩恩战斗的地方的地形已经被破坏的一塌糊涂。
佩恩的目的不是杀死飞夜而是抢走九尾人柱力鸣人。佩恩用天道和发射飞弹的佩恩两个缠住飞夜，其余四人和小南冲向了木叶村子。就在飞夜暗暗着急的时候木叶中的几名影级强者宇智波鼬﹑佐助﹑卡卡西﹑自来也﹑纲手﹑君麻吕终于出现在木叶大门口纷纷挡下了小南和另外四名佩恩。飞夜心中一块石头落地，集中精神对付眼前的两名佩恩。
飞夜手中的流云剑冒着电光不断的威胁天道佩恩。飞夜偷偷的分出一个影分身藏在暗处准备寻机干掉释放飞弹的佩恩。飞夜躲过天道佩恩的铁刃，站在一边快速结印“幻术黑暗行之术！”一阵黑暗瞬间笼罩了飞夜和两名佩恩。天道佩恩看着飞夜的术冷笑说：“旗木飞夜你也太小看我的轮回眼了你认为这小小的黑暗会困住我吗？只见天道佩恩眼中瞳孔放大“神罗天征！”飞夜被瞬间击出，黑暗行之术也被破解。就在佩恩刚刚恢复视力时，飞夜一下保住了发射飞弹的佩恩“轰！”一阵巨响飞夜的影分身自爆将飞弹佩恩炸的支离破碎。天道佩恩见此大怒说：“旗木飞夜，今天我就毁灭木叶，让你们也尝尝家破人亡的痛苦。只有理解了痛苦人类才能真正的停止战争！”这时天道佩恩使出更强的神罗天征将方圆一百米全部变成一个大坑。
飞夜和木叶的一干影级强者灰头土脸的站在原本是木叶大门的大坑边，看着聚在一起的五名佩恩和小南。小南担心的看着佩恩，说：“佩恩，你也不用使用那招吧，你的身体会承受不了的。”
佩恩天道愤愤的说：“没事，我能挺住。我要让久处和平的木叶也尝到被毁灭的滋味。我要将我曾承受过的痛苦施加道木叶身上。只有亲身尝到痛苦的滋味，人们才会成长，才会反思，这个世界才会迎来真正的和平。”
木叶众人吃惊的看到剩下的五个佩恩除了天道其余的纷纷倒地。不过飞夜看到佩恩的动作大惊，飞夜知道在原剧情中佩恩天道就是用这招毁灭木叶的。由于飞夜的出现剧情已经改变了许多，飞夜不敢寄希望于之后鸣人会劝服佩恩复活所有被佩恩杀死的人。所以飞夜见佩恩升到空中，飞快的通灵出穿云鸟飞到空中企图阻止佩恩天道。飞夜大喊：“佩恩，你要做什么？！”
佩恩升到木叶的中央，说：“不了解痛楚的人，不会理解真正的和平。我要让这个世界感受痛楚！神罗天征！！”
飞夜看到在空中放出强光的佩恩一咬牙：可恶。飞夜将自己最大的查克拉都聚集到自己的手上，双手直指天空“超大雷查克拉盾！”一个完全由雷属性查克拉组成的盾牌挡在了木叶的上空，将下方的木叶村子完全覆盖起来。就在飞夜刚完成时，佩恩的神罗天征也打到了飞夜制造的查克拉盾上。一阵巨大的轰鸣声，木叶上空耀起一阵刺眼的强光。木叶村子周围的环境被巨大的冲击波夷为平地。飞夜在空中吐出一口鲜血失去了战斗力。飞夜摇摇晃晃的从空中落下。飞夜心中暗骂：佩恩这个变态，竟然不惜耗损自己的寿命使出这一招。可恶！
这时，小樱正在疏散人群，当小樱看到从空中跌落的六代火影和木叶村子周围的地狱般的景象，不由的心中大骇，大喊道：“鸣人，快回来吧。鸣人！！”
这时，一阵白烟鸣人出现在木叶的围墙上。飘落在空中的飞夜看到鸣人那帅帅的出场心中一阵嫉妒：鸣人这小子来的真是时候。鸣人站在蛤蟆文太背上，而文太周围还有两个巨型蛤蟆护卫。鸣人看到在空中无法动弹落向地面的飞夜飞快的跑到飞夜的身下接住了飞夜。
鸣人关心的问：“飞夜大哥没事情吧。”
“嗯，我没事，只是有些脱力而已。”这时自来也六人也来到了飞夜的身边。飞夜立刻命令：“鸣人带着你的助手蛤蟆引着佩恩远离木叶找一处无人区域解决掉佩恩；宇智波鼬立刻带领一百名忍者驻防到岩忍和木叶的边境密切注意岩忍的动向；君麻吕和佐助带领一百名忍者驻防到云忍和木叶的边境防备云忍；卡卡西带领一百五十名忍者到雾隐和木叶的边境驻防；而纲手坐镇木叶本部。现在我无法行动暂将指挥权移交给纲手；自来也去援助鸣人。现在是木叶生死存亡的时刻希望大家协同团结尽心尽力。好了，散！”
瞬间场上只剩下飞夜和纲手。纲手将飞夜交给赶来的医疗忍者，快速的到了火影办公室指挥全局。
飞夜躺在木叶医院的特护病房，周围布置了暗部一个小队守护。这时晓静也来到了病房陪着飞夜。飞夜见晓静来到病房心中一宽：让晓静陪着自己在暗部的保护下比在外面安全。飞夜担忧的看着鸣人和佩恩战斗的地方心中担忧：鸣人不会真的变成九尾吧。一旦鸣人变成九尾失去控制就糟了。飞夜看着远处不断升起的烟尘索性壁上眼睛睡觉。反正自己现在也出不上力，还不如休息一下呢。
这时飞夜忽然发现木叶东边鸣人和佩恩战斗的地方升起一个巨大的岩石球。飞夜看到鸣人此时已经长出了六条尾巴，鸣人不断的从口中吐出火属性查克拉弹攻击着巨球。飞夜看到佩恩的地爆天星不禁感慨轮回眼果然无愧于他瞳力第一的称号，果然够变态。这时，自来也也被抬进了飞夜的病房，只见自来也浑身缠满了绷带。这时纲手走进来说：“飞夜就先让这个无用的老头和你呆在一起吧，这样可以节省护卫力量。”说完纲手快速的带着静音转身离开。
