灯塔的顶端，三人焦急的等待中。
“那只神奇宝贝怎么还没出现啊，急死人啦！”小霖坐在一旁，无聊的画着圈圈。
“快了，快了，再等一会儿。”正辉安慰道。
不就是晚了点么，至于画圈圈诅咒么？看来以后还是不要惹她为妙，小新汗道。
“嘘！你们仔细听！”正在桌前整理资料的正辉突然站了起来，拿起身旁的望远镜跑到塔顶的栏杆旁，四处张望了一番，兴奋的对小新二人摆了摆手，大叫道：“快看，西北方向！”
小新和小霖闻言朝西北方向望去，只见远处一片浓雾，哪有什么影子，倒是曾在录音机中听过的神奇宝贝的啸声渐渐的响亮起来，现实中的纯天然的声音果然比录音机的声音更加令人着迷。
“我也看到了！”小霖激动的朝远处指了指，“瞧，就在那儿。”
小新也看到了那只神奇宝贝的大致轮廓，不禁倒吸了一口凉气，虽然他早已有心里准备，但动画和现实完全是两个概念，当这只巨大神奇宝贝真正出现在他面前时，他才理解正辉口中‘独一无二’的意味，它确实是太巨大了，虽然之间隔着很长一段距离，但通过对比依稀可以判断出，这只神奇宝贝的高度绝不在灯塔之下！
“果然是独一无二！”小新拍了拍正辉的肩膀，意味深长的说道。
“嘿嘿，看来你对它的兴趣也不低嘛。”正辉笑道，“要不要留下来一起研究它？”
“这个邀请确实很吸引人，等我旅行回来一定给你答复。”
听到小新的话，正辉也只是笑了笑，随后开始操作一系列复杂的仪器进行观察研究。帮不上忙的小新和小霖只有倚着栏杆继续倾听神奇宝贝的长啸低吟，聊着今后的旅程事宜。
“咦，声音怎么变了，是要改唱男高音吗？”小新皱了皱眉头，感觉神奇宝贝的啸声有点不对，赶紧拿起正辉的望远镜看去。
“怎么样？没出什么事吧？”一旁的小霖急切的问道。
“情况有点复杂，有一艘不明潜艇正在攻击那只神奇宝贝！”小新将望远镜递给想了解情况的小霖，火速跑进屋里找到了不知所措的正辉。
“是些什么人？不行，我要尽快赶去救它！”听到小新的汇报，正辉拿起自己的神奇宝贝球就要冲出去，正在这时，灯塔突然剧烈震动起来，桌椅倒了一地。
“情况有点不对劲。”小新扶起倒地的正辉，露出了凝重的神色。
“打起来啦，打起来啦！”一脸慌张的小霖从塔顶跑进来，气喘吁吁地道：“那只神奇宝贝和潜艇上的人打起来啦，打斗的巨浪冲击在悬崖壁上，岩石都裂开啦，灯塔也震荡的很不安全！”
“可恶啊！”正辉紧咬着牙，拳头握的咯咯响。
“时间紧迫，正辉，这次你要听我的！”小新脸色少有的严肃，沉声道：“战斗可能会波及到灯塔，这里的研究资料可是你这么多年的心血，你必须留下来把它们带到安全的地方。”
“如果你相信我，就让我去解决那些人。”
正辉盯着小新坚定的眼神，看了看自己多年的研究资料，耳边回响着远方神奇宝贝的啸声，最终下定了决心：“好！我相信你！你也要小心。”
“放心，迄今为止，我还没失手过。”小新拍了拍正辉的肩膀，自信的笑道。
一旁的小霖嘀咕道：“怎么听着像去偷东西似的……”
小新拿好神奇宝贝球，带着望远镜走出灯塔。
“别鬼鬼祟祟的，看见你啦，出来！”
被发现行踪的小霖悻悻地从岩石后走出，撅着小嘴道：“人家也想去嘛。”
“不行。”小新的态度很坚决，“你留下来帮助正辉转移研究资料和设备，人去太多也不方便。”
“那凭什么是你去而不是我去？瞧不起我是不是？”
“大姐，别闹了行不行？对手有潜艇就说明他们不是一般人，很可能是火箭队（似乎当时也没别的组织）。我去不是说我比你厉害，主要是因为我比你猥琐，打不过我肯定能跑掉，而且这种事不是靠人多就能搞定的，再者说……额，你笑什么？”
“没事没事,我觉得你说的很有道理，嘻嘻，你确实猥琐……”
小新：“…………”
说服了小霖，小新潜行来到最近的一块大岩石后藏好，仔细观察眼前的形式，敌人统一穿着黑色制服，胸前一个大大的红色R字，正是火箭队，他们包围圈的正中央正是那只传说中的神奇宝贝——巨大的快龙。
火箭队的潜艇挡住快龙水中逃走的必经之路，潜艇甲板上依稀有十余人影站立，岸边也站着几名火箭队的成员，其中一名身穿白大褂正在操作一台仪器，显得鹤立鸡群。火箭队来这里是抓快龙，不是带个厨师或兽医开个潜艇公费旅游，那么答案只有一个：白大褂必是火箭队的研究员，估计身份不低。至于那台仪器，虽然不知道有什么作用，但小新能确定肯定和这次抓捕快龙的行动有关。
战斗正中央，快龙正在被一群水系和飞行系的神奇宝贝围攻，其中担任主攻的是一只暴鲤龙。令小新惊讶的是，这只暴鲤龙竟然是红色的。
变异！
当神奇宝贝的基因发生变异时，其本身的能力、特征甚至种类会发生变化。基因变异具有不确定性，分为有害和有利，有害变异的神奇宝贝由于能力下降被淘汰，有利变异的神奇宝贝能力大幅度提升，战斗力十分强悍。
这只暴鲤龙的基因变异明显是有利的。它担任攻击主力，其余神奇宝贝从旁策应，防止快龙逃走。潜艇上的火箭队成员不停指挥着自己的神奇宝贝，配合默契老练，似乎演练了很久。
一名火箭队队长一边指挥暴鲤龙，一边对手下指挥调度，看到局势对己方越来越有利，眼前的快龙也将成为他的囊中之物，嘴角不由得扬起得意的微笑，心中暗自庆幸，多亏预先发射鱼雷偷袭重创了快龙，不然这次行动成功率恐怕不到三成。
小新眼见快龙在数量众多的神奇宝贝的围攻下渐渐显得力不从心，心中十分焦急，但他明白，仅仅凭借自己手中现有的火恐龙和蛋蛋根本不可能与火箭队正面对抗。怎么办？冷静，找到敌人的薄弱点！
小新再次环顾四周，良久，眼光停留在那名研究员的身上，确切的说，吸引小新注意的是他手中正一闪一闪的仪器。思索片刻，小新掏出神奇宝贝球，一抹猥琐的笑微微浮现。
悬崖边的沙滩，火箭队。
“山本博士，多亏由您老人家在，这次的行动十分顺利啊。”
原来这名研究员的身份是博士，名叫山本。
“对啊对啊，我们跟着您混，不用去危险的前方冒险，在这里看戏就行了。”
“呸呸，你什么意思？山本博士难道害怕危险？他老人家是怕战斗波及仪器影响行动，不然早就站在潜艇上亲临指挥了。山本博士心系大局，运筹帷幄，实是我们小辈学习的典范啊！”这名火箭队小卒说完一脸朝圣的望着山本，眼中充满了崇拜。
其余火箭队小卒一边心中大骂此人脸皮硬厚之极，一边揣测其中是否有基情的因素……
“当然，我研究出来的暴鲤龙实力可是不容小觑的。”山本傲慢的大笑，接纳着众人的恭维，但脸色突然又变的阴沉，冷冷的说道：“要不是我的最新研究脱离控制逃跑了，凭它的实力，现在的快龙早就解决了。”
大家都知道山本心中只有那些不为人知的研究，性格喜怒无常，平时根本不会与他们这些火箭队普通成员有所交集。此刻见他脸色不善，全体立即噤声，连马屁都没人敢拍了。
“咦，那是什么？”一名火箭队成员发现身后有动静，回头问道。
众人转身看去，原来是一只火恐龙正在追赶一只蛋蛋，可怜的蛋蛋不知怎么惹到了这么可怕的敌人，正在被火焰逼的四处逃命。这种景象在自然界比比皆是，众人看着这支小插曲一阵笑谈，又把注意力移到了前方的战场。
山本继续操控着仪器，但心里感到一丝的不安，这股不安凭空而生，又立刻凭空消逝，不知为何，总觉得有点怪怪的。
奇怪，确实奇怪。火系神奇宝贝怎么会来到海边？蛋蛋不是群居吗？怎么会落单？暴鲤龙大战快龙，余震早已把周围弱小的神奇宝贝吓得退避三舍，这两个小家伙怎么不受影响，还在不停的追击躲闪，越来越近？
越来越近……
“不好！”
山本突然大叫一声，把周围的火箭队吓了一跳。大家疑惑看着眼前这个老头，暗自揣测他是不是今早出门忘了吃药，又或是阿尔茨海默病发作了？
还没等他们做出结论，正在追击蛋蛋的火恐龙突然喷出一阵浓烈的烟雾，将全部人罩在其中，蛋蛋立刻转身用念力透过烟雾搜索到山本的位置，随即念力聚集一点将其手中的仪器击的粉碎。完成了任务，火蛋偷袭组合立即远遁。
“咳咳，你们这些废物，快给我追！”山本看着手中的碎片，对着手下大骂，五官扭曲在了一起，一张老脸气成了一朵菊花，仿佛刚才被毁的不是他的仪器，而是他的贞操。
而战场的中央，在仪器被毁的同时，凶狠的暴鲤龙突然静了下来，它疑惑的看了看四周，好像在纳闷自己为什么会在这里，当它的眼光扫到潜艇上的火箭队众人，眼神刹那间变得凶狠凌厉，充满了仇恨，随即昂头怒吼，一道杀气十足的破坏死光朝潜艇攻去。
本来已是强弩之末的快龙瞬间压力大减，心知此时正是逃走的最佳时机，急忙挺住伤势向外突围。暴鲤龙不在，余下的虾兵蟹将如何抵挡得住，被快龙突破包围，一路向西逃去。
正在潜艇上指挥的小队长田中一脸惊恐，先是岸边传来一阵混乱之声，随后暴鲤龙突然反戈相击，心中已隐约猜到发生了什么事，但手下们都在进攻快龙，身边并无任何防卫之力，眼见暴鲤龙破坏死光蓄力完毕，自己性命危在旦夕，也顾不得召唤手下小弟，一个纵身跳入海中。
砰！暴鲤龙的破坏死光命中潜艇，板甲上的火箭队小卒立即死伤一片，余者纷纷跳入海中逃生。另一边，死里逃生的田中潜游到暴鲤龙附近，见自己未暴露行踪，急忙从口袋中掏出一颗重量球，照准暴鲤龙，一道红光将其收入球中。
降住暴鲤龙后，田中绝望回身，哪里还有快龙的影子？
