40亿年前，一颗大质量的陨石从天而降，带来了破坏也同时带来了生命。时称：第一次冲击。
西元1969年，人类在死海边发现了最早的《圣经》抄本，其中记录了几次大浩劫，并预言了下一次发生的时间。
西元2000年，人类在南极发现了正在沉睡中的光的巨人。后来该巨人被命名为第一使徒——亚当。
随即人类在南极建立了研究所并在此进行对巨人也就是亚当的研究。
八月15日，一群研究员正在对下个月13号的实验进行了激烈的讨论。
“关于葛城博士提出的超级螺旋管[SuoerSolenoid]理论那实在是太牵强了。不过是还在假说阶段的东西。”
“可是，那个巨人的动力来源。除了S2理论外都无法解释。”
“虽然不是刻意而为，但那个理论已经得到证实。”
“既然既存在于现实中，我们只能承认它。”
“资料验证全部结束后我会的。”
“朗基努斯之枪呢？”
“还是上周从死海捞上岸的状态。”
“送到地下之前需要处理吧。”
“没问题吗？”
“人体接触实验预定在下个月13号，还来得及调整。”
“今天的实验是？”
“测试那个力场的自我意识信号吧。”
“是的。”
西元2000年九月13日实验所
亚当与朗基努斯之枪的分离实验发生了意外。人之子解开了封印于是第二次冲击降临。
“阻止表面的发光！”
｛紧急情况！紧急情况！｝
“超过预定的极限值了！”
“注入亚当的遗传基因已完成物理上的融合！”
｛全员装备防护服，第二层以下的操作员火速前往中央教条上部避难！】
“A.T.Field被完全释放开了！”
“枪！把枪拉回来！”
“不行，无法保持磁场！”
“渐渐沉下去了！”
“即使一点点也许，把损害控制在最小限度！”
“出现构成原子的夸克级分解！快！”
“灵魂之扉开启的同时开始热销毁处理！”
“好厉害···开始走了。”
沉睡的巨人苏醒了。
“哪怕0.1秒也好，给我挤出来能够给它进行反A.T.Field干涉的能力！”
“地面上也确认开始步行！”
“S2机关和引爆装置被链接起来，无法解除！”
“转换系统已经设置完毕！”
｛倒计时进行中｝
巨人张开了翅膀，从地底逐渐升至地面。
“boom！·····”
在研究所的废墟中，一名男子伸出自己已经伤痕累累的手费力的拉开安全闸，一个救援舱被打开，男子将手中被爆炸震晕的女孩放入其中。
此时女孩醒了过来喊了声：欧斗桑。似乎还想说点什么时。救援舱被关上了。
男子用尽了力气就这样倒在了救援舱上。
巨人伸展着自己的俩对翅膀，在他的头顶的天空中一个由深浅不一的红色光圈正在展开。一个机体从光圈中心降下，一名男孩正在机体的掌心中沉睡。
人类为了阻止灾害进一步扩大使用了当时威力最大的武器——N2地雷50颗将巨人炸毁了原型。为了保护自己手中的男孩，出现的机体张开了赤红色的力场护盾并把自己蜷缩成一团保护这男孩。
于是第二次冲击结束，整个南极冰盖完全融化、地轴发生了偏转、地壳变动、火上爆发。第二次冲击后海洋生物大部分灭绝、气候发生了极大的变异、发生了极其严重的海啸和地震，南半球20亿人口当场遇难。
一天后也就是9月16号，联合国派来的搜救队在南极洲附近的海洋上发现了那个被放在救生舱中的女孩也就是葛城美里。
随后搜救队登上了南极大陆架，回收了变成了胚胎的亚当。并且他们发现了在亚当附近的不明机体以及在机体掌心的男孩。
男孩拥有着蓝色及腰长发，皮肤为乳白色，外貌极其可爱，在男孩的脖子上挂着一块蓝字的挂坠。后被检测出虽然很真珍贵但确实是地球上的玉。总体来说呢男孩就是非常可爱，非常的能吸引人的注意力。换成另一种说法就是魅力值天生满值。
葛城美里获救后因为这次事件的原因一直沉默不语，后被检查出患上了缄默症。直到···当也许正是因为多年没有说话知道缄默症后的葛城美里变得异常健谈。
而被发现的男孩在9月20号苏醒，但是他有着一名7岁男孩应有的常识却没有似乎出生到现在的记忆。但这出现在一名7岁大的男孩身上明显是不合理的。特别是在他是在第二次冲击中被一台未知机体带来的。为了监视和研究，这名男孩以之前在南极的研究人员遗子的身份被Seele的人员收养并命名为蒙德斯·蓝。
而出现在南极的未知机体则是被放出了位于日本箱根的地下空洞中，人类为了防止第三次冲击在这里建立了大型的城市要塞。这台机体最后被命名为Evangelion始祖机即EVA—0，后改为Evangelion八号机即EVA—08。也是出于对这台机体的研究人类开发对使徒用最终泛人型决战兵器Evangelion系列机体。
虽然是监视但蒙德斯的纯真可爱吸引了Seele的所有成员，虽然依旧有监视但也放松很多。而且在研究的过程中Seele的成员发现了蒙德斯的身体异常，Seele的成员发现蒙德斯天生免疫力低下只有常人的一半。也就是说蒙德斯患上任何疾病的概率起码是他人的两倍以上。当然所谓的研究只是抽取蒙德斯的血液进行研究以及正常的身体检查吧。不过每次抽取蒙德斯的血液时，对于他们来说都是对内心的谴责。
知道这一点的Seele的成员对蒙德斯更加保护了。为了加紧了对蒙德斯血液的研究。也许是上天为了补偿蒙德斯的学习天赋极高，在短短一年的时候便在Seele成员的教导下完成了小学到高中的学习。为了让蒙德斯正常生活一段时间Seele的成员决定了让他和葛城美里一起去初中学习。大家都知道诡异出现在第二次冲击中的蒙德斯绝对和第三次冲击有着一定的关系。
西元2001年，六分仪源渡与碇唯结婚并改名为碇源渡。
