最后，人类建立了三个庇护所，分别位于亚洲、北美洲和欧洲，庇护所处于地下一千米的深度，每一个的规模都与两个大型城市相当，但是生活在里面的居民只有十万，采用全息投影使庇护所的穹顶显示出蓝天白云的样子，这样可以让人好受一些。每个庇护所都有一个基因库，里面保存了地球上70%物种的基因。这里是人类最后的希望，人类偏安于此，等待着转机的到来。
庇护所都选在大型油田边上，并且离水源足够近，并且在庇护所边上建起多个大型的能源、食物、水的存储库。就算人类不进行生产，除了食物这里的资源也够庇护所里的人类使用五百年。虽然由于低温，石油和水都凝结成了固态，但是人类任然可以进行挖掘利用。每天人类的开采队都会离开庇护所去油田、水源处、存储库采集资源，到地面采集固态的氧气、氮气运回庇护所。
工厂利用化石燃料制造光源提供给植物进行光合作用，产生的热量用于维持庇护所的温度及发电等。人类只能保持基本的温饱，为了更高的利用率，肉类食物已经变得稀有，人类主要以素食为主。只种植植物，且以小麦、大豆、土豆等为主，不进行动物饲养，饮食结构变得单调乏味。人类生活产生的废物得到了高效的重复利用，不能继续利用的废物则运出庇护所进行抛弃。刚开始的两年人类主要已储存的食物为主，随着庇护所的完善，人们生产的食物已经能基本满足需求，但是肉类任然依靠储存的。
人类进入地下生活之后，采用了新的纪元，称为黑暗纪元。
黑暗纪元226年
庇护所俨然已经是一个正常运转的世界，一个小型的社会，但是由于生活在地下，没有阳光的照射且食物单一，人类的身高越来越低，现在的平均身高已经比最初低了二十厘米左右，体质变差，且由于资源缺乏，医疗水平降低，人类平均寿命也只有六十多岁。现在人们脸上难见笑容，眼中也看不到希望，绝大多数人已经对回到地面生活不再抱有希望，只是为了活着而活着，自杀率越来越高，所有的人按部就班的在自己的岗位上工作，就像纪律严明的工蜂，因为不工作意味着饿死。
黑暗纪元643年
地下人类已经从信息智能时代倒退到了蒸汽时代，许多技术都已经被人类丢弃。
庇护所的空气循环系统由于材料不足无法再次进行修复，已经不堪重负，快要完全丧失作用，庇护所内的空气已经变得让人难以忍受。街上的人都带着便携式的空气过滤器，如行尸走肉一般游荡在微光之中。
这个存在于地下的社会已经到了崩溃的边缘，资源匮乏，生态恶化，人口减少……最可怕的是绝望，除了死亡什么都已不存在……
