清军最后决定，元宵节之前，再奋力一搏，若再攻不下扬州，则撤围北还。
弘光二年，即清顺治三年的正月初三，刚过完年的清军即发起了大举的攻城战。与此同时，郑鸿逵率领的福建兵绕道淮安登陆，从东往西打到了扬州附近，距离扬州只有三十里了。
卯时，马世奇刚刚登上镇淮门的城楼，便听见远处清军阵营前隐隐哭声传来，忙问负责瞭望的士兵怎么回事。
“看样子，鞑子好像抓了些百姓”。
等到辰时，天色大亮，这才看清了清军阵前的光景，竟是抓了不知几千的汉民。被抓的汉民携老带幼自知要去蚁附登城，哭声震天。
不多时，清军鸣炮攻城，便看见上千老百姓，被百余名清兵驱赶着，往镇淮门而来。
汉民们便哭边踉踉跄跄往前跑，走的慢的就被后面的清兵一通砍杀，瞬间惨叫声大起，前面的汉民就跑的更快了。
马世奇闪着泪花拍着墙垛骂道：“狗鞑子，丧尽天良。”
有将校前来请示：“抚台大人，怎么办？”
“让百姓靠近了，放炮打后面的鞑子，让百姓贴着城墙往西边跑”。
汉民们被驱赶到了近前，便听得他们有的在大哭，有的在大喊“不要打不要打，我们不是鞑子”。城墙上的明军齐声喊道：“贴墙往西边跑！”话音未落，明军的大炮响了，铺天盖地的炮弹朝城下飞去，镇淮门前的护城河早已被填平，有的跑快的百姓过了护城河就贴着城墙根往西边跑去，竟是逃得一命。
清军一队队的推着盾车混杂在百姓中，依然还是有大量百姓被炮弹击中，不着寸甲的汉民哪怕是几枚霰弹也能要了他们的命，一排排的汉民倒在炮火下。还有抱着孩子往前跑的大人，临死前还紧紧搂着孩子，被霰弹击中，被打的全身是都窟窿。
马世奇取下乌纱帽，满脸泪水，伏地朝着城下磕头嚎哭道：“本官是你们父母官，没护好你们，对不住你们呀！”
清军发起了大举进攻，数千清兵朝着镇淮门涌来。
悲壮的《死战》歌声又在城头响起：
贼配不惜死
袍巾不惜死
看谁能撼我院篱
怒发冲冠
仰天长叹
同袍们捉刀杀焉
又待从头
收拾山河
踏破那贺兰山缺
帝伐喏
帝伐喏，魅
帝伐喏，魅豨
帝伐喏，魅豨啊
帝伐喏，魅豨啊
谁说我惧死
何人不惧死
谁叫我家国危呀
来杀敌殉死
与敌虏同死
谁叫我家国危呀
抛我头颅
撒我热血
守护我家国万代
清军在镇淮门、通泗门、大东门、小东门几乎同时发动了决死的攻击，一个牛录打光了，又上前一个牛录。
一些扬州的盐商在朱慈炯的行宫前磕头磕的头都破了，“皇上，为了扬州几十万黎民，议和吧！”
朱慈炯走出巡抚衙门，对着磕头的盐商说道：“如今四处城门告急，朕决心带着卫队死战，若是城破，尔等可取朕尸首，保得性命。”说完便带着卫队急急往镇淮门而去。
到了镇淮门，吴邦辅哭道：“皇上！给虎贲留些人吧，都打光了！”
“兵打光了，你上，你殉国了，朕上，扬州若是城破，江南也不可守，大明必定亡国。朕殉国了，也不会无颜面见皇考皇妣于地下了”。
朱慈炯便把卫队拨给吴邦辅指挥，又打退了清军的进攻。
在瓜洲，还有明军在苦苦坚守着瓜洲堡，刘泽清怕死，几次要求坐船南渡，皆被张嫣拒绝，竟然一直坚守着没投降。
在大运河，明军打退了清军一次次的进攻，总算往北推进了几里，扬州城已经在望。
在江都，郑鸿逵终于攻下了江都，打开了扬州外围的包围圈。
清军大营
多铎在营帐中长叹了口气道：“初七撤兵北还，可惜呀可惜，南朝小皇帝就在扬州城中，抓到他也是大功一件”。
韩岱心中腹诽不已：“若是尽早分兵渡江，这时候南京都攻破了”。
初八，疲惫的朱慈炯睡到了辰时三刻才悠悠醒来，这几天他亲自登城守御，虽然没受什么伤，但是疲惫非常。他身为皇帝都这么累，可见普通士兵有多辛苦。
史可法急冲冲的冲到他的寝宫前，对着门大喊：“皇上！鞑子退兵了！”
朱慈炯此时还窝在被子挣扎，一听衣服都来不及穿，鞋子也没穿，只穿着中衣便冲出了屋子。抓着史可法的肩膀道：“史相，你说什么？”
史可法一脸兴奋道：“鞑子退了！皇上，鞑子退兵了！”
黄得胜连忙提着衣服追出来给朱慈炯披上。
朱慈炯激动的语无伦次，“得胜，快，快，给朕穿鞋”。待穿戴完连忙奔向镇淮门。拿起望远镜仔细一望，果然清军的营盘都空了。
“派探子了？”
吴邦辅回道：“派了几波探子了，鞑子确实退了！”
“派人出城查探瓜洲、运河、江都方向了么？”
“一早已经派人缒城出去了，不到晌午应该就有回报了”。
到了下午，探子们纷纷回报了，清军果然是退走了，在江都的郑鸿逵已经派了先锋赶到了扬州城下。运河上，明军已经在拆除清军封河的铁索与障碍。在瓜洲，刘泽清灰头土脸的从城堡中钻出来，跳着脚咒骂着鞑子。
整个扬州城都沸腾了，明军打开了大小东门，原来新城的百姓纷纷冲回家，看看自己房子还在不在，看看当时没撤走的亲人还在不在。
第二天，勤王的明军到达扬州城下，朱慈炯这才下令打开了城门，并向南京报捷。
张嫣收到捷报，喜极而泣，连连说道：“真是菩萨保佑我大明”，当日便去佛堂还愿。
民报、金陵日报、百花报皆以头版头条刊载了清军撤退了的消息，此战，杀敌两万余人、伤三万左右，是清军入关以来所受到的最大损失。而明军这方面，高杰所部，仅余两千余人。虎贲防守镇淮门，打的最是艰苦，近乎全军覆没，所剩不过数百人。扬州总兵刘肇基左手被废，他的部将几乎全部阵亡，所部皆战死。刘泽清部伤亡过半，勤王的明军阵亡超过了四万人，伤者不计其数。
此一战，明军几乎调动了除左良玉部外的几乎所有兵力，元气大伤。虽是赢得了扬州保卫战的胜利，却也是实为惨胜。
