藏族著名学者东噶·洛桑赤列教授在《论西藏政教合一制度》一书中，对恰尔本的宗教情形概括说：这种新的本教被称为“朗贤”，它不承认前后世之说，但是承认有神鬼，认为神是在人活着时保护人的生命，而鬼不仅在人活着时主宰人的生命，并在人死后把灵魂带走，还能给这个人的家庭和后代继续带来危害。因此要供奉救护人的神，消除危害人的鬼。此外，他还谈到了《空行益西措杰传》中所记载的本教于一年四季的杀牲以血肉献祭和烟祭，及其还有祝福、禳解、赎替、测算、圆光占卜预测生死等仪式。
在这一时期，本教的献祭宗教仪式不但变得越来越复杂，也变得越来越残酷。比如，在本教经典《色尔义》中，提到了为救一位生病的王子而必须用他的属民进行人祭的情形，就如此描述道：咒师抓住这被祭之人的脚，本波执住他的手，然后，“黑汉达”切开这人的胸膛并把心脏掏出来，咒师和本波则把人的血和肉分洒向四方。在汉文史料中，也有这样的记载，如《旧唐书·吐蕃传》中谈到，在赞普死后，要以人殉葬，将衣服、珍玩以及他生前曾骑乘过的马和用过的弓剑之类，全部作为陪葬埋进墓中。《通典》卷第一百九十在提到吐蕃葬俗时说：“人死杀牛马以殉，取牛马（头）积累于墓上。其墓正方，累石为之，状若平头屋。其臣与君自为友，号曰共命人，其数不过五人，其君死之日，共命人皆日夜纵酒，葬日于脚下针，血尽乃死，便以殉葬。又有亲信人，用刀当脑缝锯，亦有将四尺木大如指，刺两肋下，死者十有四五，亦殉葬焉。”
（三）居尔本——改编的本教
居尔本又分为早期、中期和后期三个不同的阶段。
1.早期居尔本
早期的居尔本是由一个被称为“蓝裙班智达”（也有人将其翻译为“绿裙班智达”或“青裙班智达”）的本教徒开创的。
在《惟义经典》中说，这位身着蓝裙班智达服的人曾经因为被贪欲所迷，遭到了国王恩扎布达的惩罚，于是他投靠了一个与佛教为敌的国王，并成为该国的经师，宣扬如果弑杀僧人就可得解脱之果等邪论。他又将许多佛教经典改编为本教经典，并将它们藏匿在国王的一个神器旁边，然后对国王说：“在我的梦境中出现了这样的情景：你的神器前有一伏藏，请将它掘出吧！”国王就去把它们挖掘了出来，并按上面的内容进行修持，于是这些“伏藏”便得以公诸于世并被本教徒所修习。
在《土观宗派源流》中，则说早期居尔本是蓝裙班智达将一些幻术法门埋藏在地下，后又由他本人挖掘出来并公诸于世，称其是古代本教宝藏，将之杂入本教的法门而成此派。
2.中期居尔本
中期居尔本起自于一位叫做杰维降曲的本教徒。在藏王赤松德赞时期，佛本大辩论之后，下令本教徒改信佛教或还俗。当时赞普让杰维降曲师从游方僧仁青确学习佛法，但是他不愿意，认为随从仁青确学佛还不如自己看书。藏王惩罚并放逐了他，他为此感到愤怒，便与本教徒们一起将一部分佛教经典改译成了本教经典。《惟义经典》中说，他们将佛经中的“释迦牟尼”改换为“辛饶·米沃且”，“法”改换为“本”，“法身”改换为“本身”，《大般若波罗蜜多经》改换为《大萨智尔桑经》，“报身佛”改换为“贡度桑布”，“大日如来”改换为“辛拉沃嘎尔”，“化身”改换为“桑布本赤”，“涅槃”改换为“叶辛岱塔”，“罗汉”改换为“辛塞”，“舍利子”改换为“杜乌本塞”，“目犍连”改换为“伊吉期琼”，“阿难陀”改换为“柔贝奇琼”，“罗睺罗”改换为“杜东”，“须菩提”改换为“塞瓦沃丹”，“菩提萨埵”改换为“雍仲塞木巴”，“巴萨埵”改换为“巴个夏坚”，“大圆满”改换为“本嘎布巴”，“金刚杵”改换为“瓦吉黑橛”，“阿阇梨普巴”改称为“族辛加瓦”，“莲花生”改称为“瓦本达拉麦巴”，如此等等，进行随意改编。也就是说，这时候的本教将佛教主要的佛菩萨、法师、仪轨、法器、概念的名称，都改译成了本教的名称。
杰维降曲改译佛经为本经事情被发现后，赤松德赞严厉禁止了这种行为，下令若有擅自将佛教经典改编为本教经典者杀无赦。当时，有很多人因为此事被诛杀。本教徒大为惊惧，于是将尚未译完的经典秘密地藏匿在山岩之间，后来又把它们作为本教的伏藏法挖掘出来，流传于世间。
3.后期居尔本
后期居尔本，兴于朗达玛灭佛以后。根据《惟义经典》及《土观宗派源流》等文献的记载，藏传佛教后弘期于安多下路重燃复兴之火时，在后藏娘堆地方有一个叫做辛古尔鲁噶的人（即本教史上所说的本教后弘期“南藏”的掘藏师辛钦鲁噶，“辛”是他的家族姓氏，“古尔”即弯腰或者佝偻之意，据说是因为辛钦鲁噶在年幼时与别人在游戏中摔伤致残，身体无法直立，所以有此称号），他与藏地曲弥仁木（今西藏日喀则地区的一座藏传佛教寺院）的管家相交颇深，在厚礼相赠后，他便在卫藏地区一个叫做达域卓拉（现林周县境内）的本教圣地将大量佛经改为本教经文。如将《般若十万颂》改为《康钦》，《般若二万五千颂》改为《康穹》，将《瑜珈师地论》中的《决择分》部分改为《本经》，五部《大陀罗尼》改为《白黑龙经》，如此等等，篡改了不少佛经。他在所篡改的佛经中另外创造了多种不同的名词术语及注释，以表示其与佛教不同，又在其中加入了许多本教的说法，使之融合成为了一套较完备的本教经典。然后，他将这些经书埋藏在措昂哲邬琼的白色岩石下，后来他本人又装作发掘伏藏的样子，将其挖掘了出来。
据说辛钦鲁噶本人因改编佛经之事而身体分裂，显现了诸多凶相后死亡。从那以后，又有琼波本教徒等人篡改了不少佛经，这种改编工作一直都在持续着。《土观宗派源流》说，居尔本的初中后三个阶段的本教之名为“巧噶”（白派），又名“果本”。
以上便是来源于藏传佛教学者的著名本教历史三段论，它是一个具有典型意义的观点，对国内外学者在本教历史及其分段的研究方面产生了比较大的影响，但是本教徒学者并不承认这个三段论的合理性。
我国在本教研究方面颇有成果的学者才让太教授，曾专门撰文对本教历史三段论进行了研究讨论，认为这个三段论“虽然有其符合历史事实的方面，特别是笃尔本、恰尔本和居尔本三个内容本身显然是以历史事实为依据，但作为一个宗教传统的历史叙述，还欠连贯性和完整性，尤其缺乏一个历史发展的主线。”（才让太：《本教历史三段论之由来及剖析》，《中国藏学》，2008年第4期。）他说，由于历史的原因，三段论的提出者止贡·玖丹贡布更直观地看到并强调了本教内容中的非本教成分及其对佛教的吸收，但他并没有注意到或不愿注意到：实际上本教同样是一个有独立的创始人、完整的神系、繁杂的仪轨、浩繁的文献和悠久的历史这样一个自成系统的信仰传统的事实。因此，才让太教授认为，这个三段论的提出者是“在完全缺乏本教历史文献的情况下，无视本教的历史发展主线，将本教历史上发生的一些事件当成历史阶段来描述整个本教历史”（才让太：《本教历史三段论之由来及剖析》，《中国藏学》，2008年第4期）。
另一方面，需要指出的是，针对佛教徒对本教徒篡改了大量佛教经典的指责，本教徒也有自己的说法。他们认为，在赤松德赞时期，佛教徒就把许多本教的经卷如《心理教法》《雍仲八界》等改编成了佛教的《心教》《八千颂》，《雍仲金之再熔》变成了《金色之见》，《隐语菩提心》成了《下心部》，等等。此外，藏传佛教中宁玛派的最高密法“大圆满”的起源问题也一直是藏族宗教史上的一个重大议题，因为本教也有自己的“大圆满法”，两者各自都有完整的口传和文字历史，都宣称自己在源头和正统性方面的所有权。同时，在藏传佛教内部，有一些萨迦派和格鲁派的学者也曾批评过宁玛派，指责其吸收了太多本教的内容（包括大圆满法），但是这些指责都遭到了宁玛派学者的坚决否定。像这样的争论持续了几个世纪，留下了大量的争论文献，但是都没有结果。
也就是说，本教徒和佛教徒学者对许多文献的归属提出了他们各自的意见，常常互相指责对方剽窃了自己的内容。不过，本教对佛教内容的大量吸收是一个明显的事实，而佛教徒是否曾经篡改过本教的经典，至今并没有找到可靠的依据来加以证实，有待今后进一步考证。有学者郑重提出，对于这些争论中的“许多似曾相识但找不到出处的文献，则需要进行认真的比较和分析，才能辨其真伪，明其归属，不能人云亦云”。西方的本教学界已经有人对这个现象进行研究，有的研究成果已经被介绍到我国的学术界，如由顿珠拉杰翻译的《国外本教研究论文集》。
总之，到了本教发展的后期——无论是其被称为“本教后弘期”也好，“居尔本”的时期也好，在这一阶段，本教可以说是进入了对佛教内容（包括思想、经典、制度等）的全方位、多层次的公开吸纳、借鉴、重组、整合，以此来组织和完善自身教法理论和宗教文化体系的时期，本教的大藏经也是在此阶段完成其编撰整理的。从某种意义上来说，这一阶段的本教可以说是佛教化了的本教。
对于后期本教的这种佛教化特点，本教界一方面并不否认，另一方面却也另有说法——提出“本教是前佛教”论，以此来将自己提升到比佛教更高的地位。比如，本教古典文献《世间本教源流》中说，“释迦牟尼乃辛饶教诫之化身，唯称呼不同而已。众多古代学者，只要他是功德圆满之勇识者或是法轮王者均以牟尼相称，辛饶之教之分支当数佛教，佛教实为本波教之分支而已。”在《本教菩提道次第教程·普显明灯》的前言中，则声称“释迦与辛饶二位祖师是一体中变化出来的二种身各自呈现而已”。
第五节创世思想和世界观
在本教关于世界起源的创世神话中，比较典型和独特的是：最初一片虚空，而后产生出几个卵，整个世界就从卵中衍生而出。不过，在不同的神话和经典中对此的描述不一、变化多端，甚至在同一部著作中，不同章节的相关描述也各有差异。除此之外，也还另有其他类型的世界形成之说。
一，从卵中衍生的世界
在本教历史文献《黑头矮人的起源》一书中，宇宙最开始是空无本寂，是混沌法的境界，而后有了光，由此有了明暗的分别，再生风、霜、露，产生一卵，卵生黑白二鸟，鸟又生黑、白、花三卵，从三卵中生出了世界与生命。原文如下：
从最初的本无空寂，产生些微存在。然后产生光和芒，光是父，芒是母。并由此产生黑和暗，由此产生微风，由此产生微霜，由此产生露珠。霜和露珠的结合，形成了镜子一样的湖。湖面和堆积物卷裹成卵状。卵里产生黑白两个鸟的灵魂，即光的光明和芒的黑暗。光明和黑暗的结合产生黑、白、花色三个卵。
白卵破裂而外壳形成了白色的神岩。中间的粘液物变成众多的光裔部落。里面的卵水变成了海螺色的母犏牛。从卵的内核产生最初的白光世神、姜协神白色人主和具海螺眼三白人。黑卵破裂而产生昂米那波和提纳邦扎。花卵破裂而产生女人朗朗玲玲。此人没有可视之眼，没有可听之耳，没有可嗅之鼻，没有可尝之舌，没有可抓手，没有可行之脚。仅有可思考的思想。给她开了可视之眼，可听之耳，可嗅之鼻，可尝之舌，可抓之手，可行之脚。由此而自己给自己起了名字，取名叫斯巴桑波奔赤，亦称耶门杰布。此耶门杰布把金子和绿松石放在右边并祈祷，产生了金山和绿松石山谷，所有的恰氏由此产生；把海螺和琼放在左边祈祷，产生了海螺山和琼山谷，所有的穆氏由此产生；横置水晶和光铜之后祈祷，产生了水晶石岩和光湖，所有的祖氏由此产生；普如洛巴、察巴哈觉、森布拉拉合等所有的鲁类都是祖氏的后裔。穆氏成为觉悟本教，所有的恰氏都成为黑头凡人，所有的祖氏都成为牲畜。
（上述引文出自赤松德赞：《黑头矮人的起源》，卡尔梅·桑木丹等主编：《蓝色布谷鸟的呼唤》，大阪：国立民族博物馆，2002年，
转引自班班多杰：《佛教在藏地与汉地本土化历史之再考察》，《中国社会科学》，2012年12期。）
在本教文献《什巴卓浦》中，世界则是由一位法师用“五种本原物质”创造出来的，从这五种本原物质中又生出一亮一黑两个卵，从卵中产生了神灵、恶魔和世人。较为详细的描述如下：
在很早很早以前，有一位名叫南喀东丹却松的国王，他拥有五种本原物质。赤杰曲巴（他的别名叫做恩卓杰波）法师从他那里把它们收集起来，放入自己的体内，轻轻地“哈”一声，风就开始吹起来了。当风以轮的形式旋转起来的时候，就产生了火。风愈吹愈猛，火也烧得愈旺。火的热气和带有凉意的风产生了露珠。露珠凝结成了微粒，这些微粒反过来又被吹来吹去的风吹落，它们堆积起来形成了山，世界就是这样由赤杰曲巴法师创造出来的。
