十一月甲子朔，将军协办大学士吏部尚书陕甘总督嘉勇侯福康安、参赞领侍卫内大臣海兰察、领队大臣舒亮、普尔普统领侍卫巴图鲁额尔登宝、特勒敦撤、万起鼐、色凌额，翼长六十七、札勒甘布，侍卫春宁、彦津保、哲克、德勒登额、慱绰诺克、屯保、萨宁、阿克星额、长保、赛音库、巴彦泰、德色、定西鼐、伍库穆尔、阿哈保、格登宝、察汉、萨克丹布、翁古尔海、西津泰，参领佐领万廷、朔云保、赛崇阿、富灵保、德楞泰、富永、伍德、阿穆尔塔等三十余员，骑都尉云骑尉那丹保、诺托宝棍、楚克札布、富兰等四员，护军校骁骑校托克和等以下又二十余人；随带江南狼山总兵袁国璜、苏州城守参将李芳园、甘肃城守参将吴宗茂、江西吉安参将张兆熊、南昌城守守备广惠；又随带福建副将李威光、守备郑玉楷、陈大成、千总把总以下九人；而湖北革职副将陈大恩、湖南革职守备李天贵亦投效军营，随之台湾。其随带之兵，则广西三千，副将巴尔布、参将马龙、游击王宣、都司张尔魁、守备黎致明、刘应瑞、千总以下五十九人分领之；四川汉屯兵三千。屯兵则各分屯所：曰八角确，曰河东屯，曰河西屯，曰干囗〈保上木下〉寨，曰下孟董，曰上孟董，曰九子寨，曰杂谷脑，曰别思满，曰汉牛，曰宅垄，各有屯守备、屯千总、把总等领之。绿营兵则总兵穆克登阿、副将那苏图、都司张维、额尔恒额、年镛、孟洪翼、刘怀仁、张占魁、守备马大雄、田占魁、张志林、汤万年、千总以下三十八人分领之。而参赞成都将军鄂辉，则总领川兵者也。其随营文员，则有甘肃兰州道苏楞泰、郎中方维甸、范鳌、员外郎长龄等至鹿仔港。以上满汉将卒屯番七千余人，又在泉州招募义民二千人随征。楼船千艘，旌旗蔽海。十月壬戌（二十八日），自蚶江崇武澳放洋，一日夜齐至鹿仔港。鹿仔居民望之，皆至海口设香案迎谒，欢声震地。十一月乙丑（初二日），将军福康安统领官兵登岸，即日札营马芝遴。
初，将军福康安至厦门，欲渡鹿耳门，后上闻蓝元枚卒于鹿仔港，有旨谕令改渡蚶江。及其至也，兵精将勇，号令严明，贼人闻之夺气矣。
丁卯（初四日），海兰察率侍卫特勒敦彻、穆塔尔等二十人，至彰化县西八卦山勘形势。贼人于山梁设卡御官兵。佐领阿穆尔塔、侍卫哲克等首登山梁，贼人惊走。山下贼众又于竹园内突出遮官兵。海兰察率侍卫赛音库、萨克丹布、屯保等奔前射贼，贼皆应弦而倒。自蓝元枚田中央之败，彰化县左右，凡五月不见官兵。是行也，侍卫二十人直入贼巢，贼不能当。士气为之大振。
于是将军福康安将发兵解诸罗之围。先调守番仔沟之兵移屯马鸣山，以守马鸣山之兵移屯鹿仔港。于鹿仔港、番仔沟、马鸣山各营兵中，挑其精壮者一千二百人，檄侍卫札拉芬、六十七、游击裴起鳌、守备马得聪等领之，随舒亮由乌日庄进兵攻大里杙。又派守备徐大鹏带兵二百名、义民二千人，随同知徐梦麟往牛骂头，与徐鼎士合兵，由大肚进攻大里杙，与舒亮会合。留总兵李化龙、参将福兰泰、游击张会元等领弁兵六百余人守鹿仔港。以随营候补知府德明额留港供饷运。
己巳（初六日），将军福康安、参赞海兰察、鄂辉、领队大臣普尔普统领巴图鲁侍卫、广西、四川汉屯官兵五千余人，发鹿仔港，由二林、麦仔寮前进。庚午（初七日），至元长庄；守元长庄总兵普吉保上兵籍，请随征。辛未（初八日），黎明，下令军中官兵分五队并进，海兰察、鄂辉、普尔普、穆克登阿、普吉保等分领之，师次仑仔顶。仑仔顶贼众不虞官兵遽至，仓卒出阵。官兵压之，皆披靡，退入竹箐，施放鎗炮。仑仔顶左右贼庄闻之，纠众至，图截官兵。于是将军福康安命鄂辉、穆克登阿为左拒，普尔普、春宁、吴宗茂为右拒，海兰察率巴图鲁侍卫长驱直入诸罗。战良久，官兵奋勇，无不一当百。贼众一时溃走。海兰察至牛稠溪，贼众犹阻溪自固。海兰察率众冲贼阵，直渡溪南。先是贼人于牛稠山设竹棚为久困诸罗计，至是官兵竞上山焚之。柴大纪闻鎗炮声，知援兵至，方拟率众出城接应，而海兰察已直抵城下矣。辛未（初八日），将军福康安至诸罗。五月之围，一朝顿解，百姓欢声如雷，皆额手庆更生，至有泣下者。而鹿仔草左右贼庄闻之，亦解散思遁走矣。
壬申（初九日），海兰察至鹿仔草，与恒瑞会。恒瑞即随海兰察至诸罗。鹿仔草与诸罗道路始通。将军福康安既至诸罗，运粟数千入城。城中斗米二百，民忘其困。于是按察使李永祺由府城至诸罗，檄令招集流亡，赈恤百姓，民情安堵。诸罗自被围以来，商民捐赀，招集人众，协同官民固守，数月之间，城垂破者数矣。众志益坚。上嘉予之，锡县名曰嘉义，以褒其功。
将军福康安将率大兵捣贼巢，先遣普尔普带盐水港、鹿仔草之师通府城道路，命总兵郑国卿守盐水港，总兵梁朝桂守鹿仔草，提督柴大纪、蔡攀龙守嘉义县。癸未（二十日），大兵发嘉义县。
贼众之弃嘉义而逃也，占聚中林、大埔林、大埔尾三庄，中林尤为贼之精锐所在。将军福康安令恒瑞、普吉保攻大埔林，鄂辉、袁国璜攻大埔尾，海兰察率额尔登宝、穆克登阿、春宁等攻中林。将军福康安自率额尔登布、张芝元、吴宗茂为后殿。海兰察等望见贼众，以骑兵蹂之，贼实时奔溃。大埔林、大埔尾之贼闻之，亦溃。师进至庵古坑。庵古坑，蔡福巢穴也，守甚固。大兵至，拔栅直入，贼不敢拒。时已薄暮，去斗六门尚三十余里。自林爽文倡乱以来，斗六门遂为贼之门户，精甲、利兵、粟米皆在焉。
嘉义围解，林爽文遣贼目守中林、庵古坑，而自回斗六门，思负险拒官兵。以骑兵不可当，沿途掘壕，冀陷马足。大兵既克庵古坑，将军福康安令军中曰：『贼众屡经败？ ，今胆寒矣，宜乘夜趁之，缓则贼将为备』。于是侦知大路多陷坑，众由稻田绕道行。甲申（二十一日）迟明，与贼遇。官兵争前砍贼栅，须臾栅开。贼犹率众拒官兵。官兵乘胜大破之。贼目弃家属遁。
自嘉义至斗六门，凡八十里；官兵所向克捷，斩首数千级，贼尸遍野，俘获不可胜计。于是各庄民闻之，皆扶老携幼，赴军前自投。而彰化以北，东螺、西螺各庄，先为贼守，亦皆杀贼争应官兵矣。
普尔普之开通南路也，己卯（十六日）至盐水港，带同翼长乌什哈达、游击黄象新等，兵二千人，又随带王国志所领义民二千人南下，战于茅港尾，又战于湾里溪，皆克之。庚辰（十七日）至三坎店。
知府杨廷理奉将军檄，率义民将趋北路，诣军营迎谒。普尔普即日旋师，命杨廷理安抚民庄。贼目陶乌诣廷理请降，廷理受之。普尔普又以所带兵安置铁线桥、茅港尾、湾里溪、盐水港，乃自赴斗六门军前报命。由是府城至嘉义大路皆通矣。
将军福康安率兵次水沙连山口，分兵搜入。海兰察射贼目蒋挺，擒之。贼众自相践踏，死者不可胜计。闻林爽文已回大里杙，乃撤兵出山趣贼巢。檄副将格？ 额、都司张奉廷以埔心、二林之兵移驻水沙连。丁亥（二十四日），大兵至平台庄，距大里杙五里。时薄暮，海兰察、普尔普率前锋先进。林爽文倾巢出迎官兵，众至数万，自山梁驰下冲官兵。官兵迎击之，贼再却再来。于是将军福康安统领大兵皆至，贼不敢逼。乃于山梁排列鎗？ ，更番施放，呼声震山谷。官兵严队伍，结营山下，觅途上山。夜半，山上鎗？ 声益急，火光四起。将军福康安遣人探虚实。迟明，微闻山上车声，曰：『贼殆将遁耶』？即率众先登。而林爽文已于夜半先遁矣。
先是林爽文与官兵相持，战良久，而官兵转益奋勇，无不一当百。贼气益衰。林爽文知不可敌，乃纵火山上，发鎗炮以示死拒，即乘势回寨。夜半，开寨东门遁去。于是官兵结营大里杙。参赞舒亮、副将徐鼎士、游击吴秀、都司敏禄之兵皆来会。将军福康安以大里杙贼粟、牛只犒赏军士、义民，论功行赏。
于是有旨赏嘉义解围之功，护军参领朔云保、二等侍卫伯宾、三等侍卫赛音库、屯保、哲克皆赏给巴图鲁，加赏银百两。又赏克斗六门之功，总兵穆克登阿、二等侍卫春宁、三等侍卫萨宁、阿克星额、萨克丹布、护军参领万提荫、前锋萨重阿、前锋侍卫彦津保、佐领阿穆尔塔、副将吴宗茂、张朝龙、屯番守备阿勇、千总寨莫里、永忠皆赏巴图鲁，加赏银百两。又赏克大里杙之功，总兵袁国璜、三等侍卫博绰诺克、德勒登额、巴彦泰、定西鼐、翁古尔海、蓝翎侍卫察汉、前锋侍卫西津泰、佐领伍德皆赏巴图鲁，亦赏银百两。淡水同知徐梦麟带领屋鳌社番众雅惟斯毕岱等赴军门谒见将军福康安，福康安慰劳之，令赴内山堵缉首逆；并奏赏徐梦麟戴用花翎，以奖励之。
先是嘉义解围，总督李侍尧先得信，即以上闻，上大喜，晋封将军福康安嘉勇公，参赞海兰察超勇公，加赏宝石顶、四团龙补服。将军福康安以林爽文未就擒，辞谢不敢受。
大里杙既破，将军福康安未获林爽文踪迹，分兵入山四面搜捕。十二月甲午朔，师次平林仔。贵州总兵许世亨、副将岱德、参将札郎阿、游击鲁安邦、都司杨定邦、守备刘廷奇、罗世德、千总以下四十五人，兵千九百名至军营。丁酉（初四日），攻克集集埔。集集埔为内山隘口，其东皆生番。将军福康安闻贼众逃逸集集埔拒险自固，分遣将弁攻克之，斩杀无算，未得首逆。乃遣普尔普驻科仔坑、普吉保驻科仔坑口、琢灵阿驻林纪埔、叶有光驻藤湖口、谢廷选驻流藤坪、舒亮驻归仔头、格绷额驻清水沟，皆内山隘口也。其东生番社口，则令番众守之。其南阿里山口通府城小路，则令张万魁守之。大营进驻东埔纳。将军福康安分遣义民入山招谕陷贼百姓，其自首者许令免罪。自贼中投出者共五千余人，而贼目陈泮、欧旅、阮和、陈讲、黄宽、黄瀚、杜敷皆相次投出。杜敷者，番社社丁也。
初，将军福康安分遣社丁往谕屋鳌十八社生番，令其堵截贼众入山道路，有言杜敷最谙番情者。杜敷未为贼时，与义民首知府职衔杨振文往来。即令杨振文往谕杜敷。杜敷素为林爽文信任。林爽文自大里杙破后，挈其父母妻子逃走内山。官兵追之急，乃以家属托杜敷。杜敷藏之水里社。至是杨振文遣人谕令立功赎罪。杜敷遣其弟杜朗随诣军营。愿献林爽文家属赎罪。将军福康安慰遣之。丙午（十三日），杜敷擒林爽文之父林劝、母林曾氏、弟林垒、妻林王氏送军营。将军福康安赏杜敷千总职衔，其义民首知府职衔杨振文亦赏戴花翎，奖其招谕杜敷之功也。
辛亥（十八日），官兵攻小半天，克之。小半天在万山之中，最险僻。自官兵分守隘口，贼众无能窜逸，皆赴小半天潜聚。将军福康安闻之，分遣官兵剿捕。普尔普率领屯番先登，克之，斩杀无算，生擒贼目林追、林天等。自是大里杙左右贼众，无容身之地矣。
林爽文之弃大里杙而逃也，其众犹五、六千人，一败于集集埔，再败于小半天，斩杀大半，乃由鹤骨社、狮子社沿山逃走，又为生番剿杀，死伤略尽。而官兵南至阿南山，北至桃仔园，星罗碁布，四路围截。其三貂、蛤仔栏先为贼目吴沙所据，亦招出之，令其擒献首逆自效。林爽文知不可脱，乃谋之贼目何有志。何有志劝林爽文投淡水厅役高振。高振者，先与林爽文往来，时为义民首，随官兵为眼目捕逆首。乾隆五十三年正月丁卯（初四日），林爽文逃至老衢崎，适与高振遇。高振即密报官兵擒之，槛送大营，并擒何有志。
初，林爽文谋逆，僣号顺天；或言顺天、三百六十天也，林爽文恶之，思改号，然已行，不可卒改。自僣号至破大里杙，适符其数。至是被擒，殆天意也。大兵回驻东埔纳。官兵、义民擒献贼目数百人。将军福康安分别情罪轻者，即于军营斩之，其解京者：曰首逆林爽文、曰伪都督何有志、曰伪保驾大将军赖达、曰伪总管林绕、曰伪大都督林领、曰伪副元帅林水返、曰伪军师陈梅、曰伪元师林琴、曰伪宗人林水、曰伪元帅林玉、曰伪保驾将军赖子玉、曰伪游击将军赖敖、曰伪护国将军黄富、曰副将军李七，又有号称将军者曰萧悟天、刘天锡、林良、石南、林祖、林侯、林棍、林得珑等，并父母妻子共三十三人，派领队大臣舒亮、参领札拉芬、参将李芳园、马龙、都司张尔魁等分起解送京师伏法。奉旨赏擒林爽文之功，三等侍卫阿哈保、副前锋章京德楞泰、骁骑校伯多果尔、游击张维、都司张占魁、守备李自昌、屯番守备札克塔尔、阿结皆赏巴图鲁，加赏银一百两。
己巳（初六日），福建巡抚徐嗣曾至军营。先是将军福康安既克斗六门，以台湾百姓甫经乱离，家屋焚毁，应发帑抚恤，咨会总督李侍尧于福建文员内自同知以下委令十二人赴军前差遣。又以荡平之后，凡抚恤百姓、筑立城垣，宜大臣督其事。于是奏请巡抚徐嗣曾渡台湾。徐嗣曾至军营，而首逆适就擒。将军福康安因以北路民事委之经理焉。
