先是上闻贼扰诸罗亟，柴大纪战屡胜。且四月丁未（初十日）诸罗东门之战，能立斩怯阵之外委刘钦及掠财兵陈恩成以徇，因是益嘉其知兵，遂诏柴大纪暂署陆路提督，旋予实补，兼管台湾镇总兵事，恩赉稠迭。以蓝元枚转补水师提督。然柴大纪每战小衄，皆以捷闻，有识者为之寒心，知其不克终矣。
五月癸未（十七日），柴大纪以贼攻盐水港日亟，遣千总陈邦材、把总施必得带兵二百人守鹿仔草，游击邱能成带兵四百往来盐水港、鹿仔草一路巡哨。丙申（三十日），遣把总陈国忠带兵二百至盐水港易李隆兵五百人，撤笨港驻札兵，皆回县城。六月丁酉朔，贼陷笨港。丙午（初十日）贼目蔡福、李七、叶省率众三千人攻鹿仔草。义民首陈宗器赴县告急。柴大纪遣游击李隆率兵五百人援。贼闻信，去鹿仔草，散伏竹仔脚、田洋。李隆等领兵将至竹仔脚，未成阵，贼众陡起惊官兵。官兵发大炮，炮裂。贼益逼。李隆急收兵回县，兵争退不可止。阵亡把总郭得胜、李松、外委萧富、许飞凤、陈威，兵丁陈亡者一百三十余人，阵亡义民陈干等七十余人。游击邱能成闻警，自鹿仔草驰兵往救，会李隆败，兵乃收回鹿仔草。至是竹仔脚、大仑、倒店皆贼巢，而盐水港、鹿仔草始与诸罗阻绝矣。己酉（十三日），柴大纪蜡书告急。
先是，贼目蔡福等，自三月以来，日扰诸罗。柴大纪部分将弁札营四门外，又自盐水港运鉎顉炮二十余环列以御，贼不敢近。有为贼献计者，令其先收附近民庄，断饷道，绝援兵，以困诸罗。于是攻麻豆，陷笨港。自李隆丧师于竹仔脚，而诸罗之兵不能出城门；储备空虚，兵民岌岌动矣。
辛亥（十五日），总兵魏大斌、副将詹殿擢、守备姚国泰领浙江弁兵六百余人，都司刘振唐领广东弁兵四百余人，效力革职都司罗光照领凤山溃回弁兵五百余人，发关帝厅，由海道赴援诸罗。癸丑（十七日），魏大斌至鹿仔草，游击邱能成迎见，备言诸罗望兵状，劝大斌亟进。甲寅（十八日），魏大斌自鹿仔草进兵，游击邱能成、义民首陈宗器皆从。出鹿仔草东十里，至大仑，贼目蔡福纠众阻我兵。魏大斌所领皆浙江孱民，而凤山溃兵五百余尤疲瘵，见贼即惊溃，阵亡把总麦逢春、武成烈、刘映升、又阵亡兵丁六十余人，散失千总、把总黄殿臣、陈世栋、陈剧等三人，无着兵丁二百余人。游击邱能成、千总蔡国忠皆负重伤。魏大斌收残卒回鹿仔草。杨起麟在盐水港，将率师往救，闻魏大斌已败，乃止。
六月乙卯（十九日），三等侍卫希明至台湾，将军常青之子也。上念常青年老，出师海外，特授其子笔帖式希明三等侍卫，赍恩御用搬指、荷包、香扇、纱葛赴军前省其亲。澎湖游击蔡攀龙以保守府城超擢台湾协北路副将，又赏戴花翎，以旌其功。诏授守备衔庄锡舍以实缺补用，赏擒番妇之功也；常青又请赏给蓝翎以奖励之。台防同知杨廷理率义民随军，常青以闻，赏戴花翎。
初，常青至台湾，凤山新丧师，贼兵临城下，常青奖励兵民，乘城固守，风采隐然，军民翕然向之。无何，有广东肇庆协副将官福者，自言曾出师金川，善用兵。常青信之。官福中恇怯而多机械，意在养寇观变，凡将弁请用兵者，无不百计沮之。由是军心始懈。
温州总兵魏大斌之败于大仑也，贼众攻诸罗益急。诸罗守城兵民死亡相继，柴大纪不能支，募人由闲道至鹿仔草催魏大斌进兵。而魏大斌兵新衄，不能振，乞师于常青。常青遣福宁游击田蓝玉、督标参将张万魁率师援之。
初，常青出札关帝厅，失利，请添兵。总督李侍尧先调督标、提标兵二千人，檄参将张万魁、游击田蓝玉领之驻厦门，而两广总督孙士毅只挑备粤兵二千名在潮州备策应。至是闻常青需兵急，总督李侍尧即移会孙士毅亟发潮州策应兵，而以所备闽兵二千檄令先往。于是有旨调广东、浙江驻防兵各千五百人，又调广东绿营兵四千赴台湾。又以蓝元枚请兵，谕分粤兵二千渡鹿仔港。
先是蓝元枚请调闽兵二千，总督李侍尧以本省兵征调略尽，惟漳州兵先因贼首原籍，防牵连未征发；蓝元枚漳州人，领漳州兵当无事，因调漳州兵二千渡鹿仔港。
六月乙卯（十九日），福宁游击田蓝玉、海坛守备林士元、千总、把总、外委十四人，领兵千人至关帝厅。戊午（二十二日），督标参将张万魁、提标守备哈景泰、千总、把总、外委十人，领兵千名继至。壬戌（二十六日），田蓝玉发关帝厅，由海道赴援诸罗。七月癸酉（初八日），张万魁发关帝厅，亦由海道赴援诸罗。张万魁之赴援诸罗也，常青又派健锐营章京官保德成额、参将特克什布、都司邵振纲带福宁并下淡水汛兵三百人同往。邵振纲者，下淡水都司；凤山既陷，随参将瑚图里守汛地。既而下淡水粤庄义民首周敦纪等请随大军自效，常青许之。周敦纪等率义民一千二百人由内门山间道至关帝厅，参将瑚图里、都司邵振纲亦领弁兵六百余人随义民赴军前。常青奏赏周敦纪等九人六品顶戴，曾秀等十三人八品顶戴，其余义民赏银各有差。即命瑚图里协守府城，而分邵振纲所领兵往援诸罗。官保德成额，即常青所请派赴军前之巴图鲁侍卫也。巴图鲁侍卫乌什哈、达嗒恩、哈雅尔、疆阿果尔、敏色、岱森保、富克精额、官保德成额，凡八人，军中号称骁勇。以诸罗贼势横，特遣官保等同行。特克什布，亦常青所请赏戴花翎者。
魏大斌往援诸罗，所领皆孱兵，及败，军中皆訾议兵将非其人。是行也，官兵皆择而遣之。
七月丙寅朔，田蓝玉至鹿仔草。戊辰（初三日），与魏大斌进兵至半天厝，不利。丙子（十一日），张万魁等亦带兵至。于是鹿仔草驻札诸罗援兵四千余人矣。
柴大纪致书魏大斌曰：『公等究于何日进兵？顷贼目蔡福、叶省攻诸罗，受重伤，叶省回至牛稠山毙命，贼势亦稍衰。若不乘时进兵通道路，将重围终不解矣。公等若来，我闻炮声，当出援』。
七月戊寅（十三日），总兵魏大斌、参将特克什布、张万魁、游击田蓝玉等将进兵，谋所出，招庄民问之，曰：『由倒店、半天厝大路至诸罗，较近而贼众；由后寮至诸罗，贼少而路较远。』皆曰：『由大路便』。魏大斌即尽留辎重鹿仔草，留守备林士元分兵守之，以所领兵分三队进。药铅粮饷居中，权命游击邱能成带守鹿仔草兵四百人护之。以义民黄奠邦、蓝应举、陈宗器为向道。至汤丸店，邱能成辞回鹿仔草兵。更前，道益狭，官兵鱼贯行。左右皆山，山内布竹签，兵行益惴恐。日午至倒店，将近诸罗，官兵皆喜。贼忽吶喊齐至，前后击官兵。官兵不能当，弃械走，粮饷药铅皆失。阵亡千总锺川旸、黄国恩、陈忠耀、谢际荣、蔡连升，把总郑飞鹏、官廷梅、黄振辰、徐得升、蔡江、萧世结，外委熊发得、孙进、柯连升、苏安武、蓝志纯、许国忠，武举陈恒壁。兵丁阵亡者一千一百余人。阵亡义民二百余人。外委段昭明、沈贤赍柴大纪回折皇赏随大兵赴诸罗，亦被害。参将张万魁弃马驰至三苞竹，足蹶卧田间，义民郑乃生负之，得免。柴大纪闻警，带兵出援，贼始退。然自是贼益轻官兵，日夜图诸罗矣。事闻，总兵魏大斌坐革职。魏大斌既至诸罗，柴大纪收拾残败，分驻四门。责问诸将失事状，田蓝玉与柴大纪抗。大纪列揭常青。常青以闻。奉旨革职枷示诸罗，以柴大纪揭其临阵时故缓行违军令也。
魏大斌初进兵，邱能成以鹿仔草兵单乞师。常青遣浙江游击董秉璨带兵四百人，往守鹿仔草。七月庚午（初五日），广东惠州副将伍达色、督标守备卫觐光、肇庆协守备陈世泰、千总、把总、外委十人，广东督标兵千名，提标参将周世佐、增城守备马大雄、左翼游击林起凤、中营守备方淇、千总、把总十五人，提标左翼、镇标增城各营兵千人，至关帝厅。戊子（二十三日），惠来营游击马文龙、达濠营守备周应朝、督标守备铁金彪、千总、把总十四人，惠来、增城督标兵千人，至关帝厅。无何，魏大斌败问至。甲午（二十九日），常青檄副将贵林、蔡攀龙、参将孙全谋、都司杭富、守备马大雄带广东澎湖兵千六百名援诸罗。
自六月以来，南北贼众合势扰诸罗，郡城得以休息。贼虽暂至，然无几何。闻官兵出，即退避。故大小十余战，无不以捷闻。副将贵林、谢廷选、参将特克什布、协领海兴阿、都司杭富，皆以功先后奖戴花翎。外委王国志以随台湾道永福御贼，奖戴蓝翎，超擢千总。而常青亦奉旨赏戴双眼花翎。至台湾道永福、知府杨廷桦赏戴花翎。皆御贼之功也。
翼长官福幸郡城无剧贼，而常青御将宽，或因为奸利。凡诸将有功，官福意为高下以侔利。又怂恿常青奏奖义民七百余人，官福之客卢云翼亦与焉。物议颇不平。常青又为官福奏请巴图鲁名号，军中益思幸进，惮远役。副将贵林与官福隙，官福称于常青，令统兵北援，实构之也。贵林愤愤领兵至海口，三日始登舟，又值风雨，其随行安平牌兵覆舟鹿耳门，溺死者数十人。识者知其不详矣。
八月辛丑（初六日），福建按察使李永祺至台湾。先是常青、恒瑞以军需旁午，台湾道府势不能兼理，奏请派大臣渡海督其事。巡抚徐嗣曾自请往，上不许，特命李永祺膺是役焉。
军中疫疠大起，副将林天洛、参将廖光宇、游击双德、易连、守备王雄、铁金彪、方淇，先后没于军。弁兵死者日数十人。八月辛丑（初六日），台湾府知府杨廷桦卒。
癸丑（十八日），蓝元枚卒于鹿仔港。
田中央之败，蓝元枚知力不足办贼，密戒将领普吉保、格绷额等固守马鸣山、埔心各营垒，以待添兵之至。维时贼焚抢西螺庄。二林义民首陈大用等赴鹿港乞师，令都司张奉廷带兵四百人守二林。而大甲义民亦请兵，又遣守备潘国材带兵六百人往。自六月以来，剧贼皆赴诸罗，鹿港少休息。于是蓝元枚令武生陈大用、锺奇英等招安贼庄。
有蓝启能者，元枚从侄也，世居漳浦寮，距大里杙贼巢甚近，或为贼用。闻元枚至，率男妇七十余人至鹿港。元枚以闻，诏特原无所问。上遇元枚特加恩，与常青同赏双眼花翎。元枚思图奇功以报。
有漳浦监生何从龙者，元枚戚属也；在大里杙，为林爽文所信任。元枚遣人赍谕往，欲令诓林爽文出降，且以富贵动之。久之无成功，元枚愧愤，疾作，至是卒于军。诏赠元枚太子太保，赏银千两。
副将贵林等之统兵援诸罗也，在海上几两旬，始达盐水港。而诸罗自七月以来，粮饷药铅皆尽，贼围之数重，情形几不可终日。而贵林等绝无进兵信息。常青既忧之，又奉到谕旨，益严切。
七月十五日，上谕常青曰：『林爽文牵缀北路，庄大田牵缀南路，使我兵奔走不暇，而贼势转得联络。常青等为其所愚，击东应东，击西应西；譬之奕棋，贼人着着占先，而官兵止办接应。何时方克竣事』？
七月十八日，上谕常青曰：『常青等应当统领大兵，直趋北路，不可徒为贼所牵缀，坐失事机』！
七月二十一日，上谕常青曰：『汝等坐守郡城，成何事体？惟有遵照节次谕旨，会南趋北，使渠魁就获，则余党自不攻而溃。此朕与尔等以救过之路，不可不惧。朕于用兵，赏罚严明，尔等虽未经军旅，岂无闻见，不可不知也，慎之』！常青益忧惧不知所为。
总督李侍尧又致书常青曰：『诸罗若失，将军岂能任此重大』？于是下令军中，择于八月乙巳（初十日），亲统大兵北征。既上闻矣，翼长官福乃日夕切谏，挠其行。计中变。于是谋之参赞恒瑞，令统兵赴援诸罗。常青仍驻关帝厅。
八月，江宁将军永庆率协领爱隆阿、花沙布、清泰，佐领纠金保、五十八、纳海保宁、六十五、富昌，防御色成、费扬阿、成揆、伊克坦布、常甲保，骁骑校十五员，领催甲兵一千五百名；广州副都统博清额率协领伊清阿、玛什布、叶集凤，佐领札尔虎、敏太、王南炳、陈世俊，防御达春太、苏志仁、常恩、永安、松福、文明、王宗藩、萧永林、杨沛，骁骑校十四员，领催甲兵一千五百名；先后至关帝厅。丁巳（二十二日），参赞恒瑞统领广东福州驻防、闽粤绿营兵三千，由海道赴援诸罗。领兵官：侍卫二人--富克精额、岱森保，协领三人--色普兴额、海兴阿、叶集凤，佐领二人--奇成额、王南炳，防御五人--音党、阿札鲁、王宗璠、萧永林、杨沛，副将一人--谢廷选，游击二人--林起凤、刘越，都司一人--麦瑞，守备三人--李自昌、方淇、邱荣，骁骑校十人，千总、把总以下二十六人，分领征兵，先后发关帝厅。
