浩渺无际，而河变极矣。初，漕渠左视昭湖，其地沮洳，去河不数十里，识者危之。嘉靖初，盛应期督漕，议凿渠湖左以避河患，朝廷从之。鸠工未半，为异议所阻，至是漕湮，以吏部侍郎朱衡出督浚凿。衡与佥都御史潘季驯寻应期所开故道，以为运道之利，无逾于此，疏请凿之，开新河，自南阳达留城百四十一里，浚旧河自留城达境五十三里，役丁夫九万余，八阅月而成，而水始南趋秦沟。
穆宗隆庆元年春正月，开广秦沟以通运道。先是，河决沛县，议者请复故道，乃议新集、郭贯楼诸处上源。尚书朱衡言：“古之治河，惟欲避害，今之治河，兼欲资利，河流出境山之北，则闸河淤；出徐州之南，则二洪涸。惟出自境山至徐州小浮桥四十余里间，乃两利而无害。自黄河横流，碣山、郭贯楼支河皆已淤塞，改从华山，分为南北二支，南出秦沟，正在境山以南五里许，此诚运河之利也。惟北出沛，西及飞云桥，逆上鱼台，为患甚大。陛下不忍沛、鱼之民横罹昏垫，欲开故道，臣考之地形，参之舆论，其不可者有五：自新集至两河口，背平原高阜，无尺寸故道可因，郭贯楼至龙沟一带，颇有河形，又系新淤，无可驻足，其不可一也。河流由新集，则商、虞、夏邑受之，由郭贯楼，则萧、砀受之，今改复故道，则鱼、沛之祸复移萧、砀，其不可二也。黄河西注华山，势若建瓴，欲从中凿渠，挽水南向，必当筑坝，为力甚难，其不可三也。旷日持久，役夫三十万，骚动三省，其不可四也。工费数百万，司农告匮，其不可五也。臣以为上源之议可罢，惟广开秦沟，使下流通行，修筑长堤，以防奔溃。”上从之。乃凿旧渠深广之，引鲇鱼诸泉、薛沙诸河，注其中，灞三河口，疏旧河，筑马家桥堤，道之出飞云桥者使尽入秦沟。自留城至赤龙潭，又五十三里，凡为闸八，减水闸二十。为坝十有二，堤三万五千二百八十丈，石堤三十里。已而凿王家口导薛河入赤山湖，凿黄甫导沙河入独山湖，凡为支河八，旱则资以济漕，潦则泄之昭湖，运道尽通，是名夏镇河。工成，加衡太子少保，于是河专由秦沟入洪，而河南北诸支河悉并流秦沟。
三年秋七月，河水溢，自清河抵淮安城西，淤者三十余里。决方、信二坝出海，平地水深丈余，宝应湖堤崩坏，山东莒、郯诸处水溢，从沂河、直河入邳州，人民溺焉。
四年秋九月，河决邳州，自睢宁白浪浅至宿迁小河口，淤百八十里，溺死漕卒千人，失米二十余万石。总督河道侍郎翁大立言：“迩来黄河之患，不在河南、山东、丰、沛，而专在徐、邳，故欲先开氵加河以远河势，开萧县河以杀河流者，正谓浮沙壅聚，河面增高，为异日虑耳！今秋水氵存至，横溢为灾，臣以为权宜之计在弃故道而就新冲，经久之策在开氵加河以避洪水。”疏下部。
五年河决双沟。先是，河涨徐州上下，茶城至吕梁两东山，不得下，又不得决；至是乃自双沟而下，北决油房、曹家、青羊诸口，南决关家、曲头集、马家浅、阎家、张摆渡、王家、房家、白粮浅诸口，凡十一，支流既散，干流遂微。乃淤自匙头湾八十里，而河变又极矣。赵孔昭、翁大立前后治之无功。议者欲弃干河，而行舟于曲头集、大枝间。冬初水落，则干已平沙，而枝复阻浅。又议弃黄河运，而胶河、氵加河、海运纷沓莫可归一。于是即家起都御史潘季驯治之。
季驯之治水，惟求复故道而已。乃上言：“老河故道，自新集历赵家圈出小浮桥，安流无患。后因河南水患，别开一道，出小河口本河渐被沙浅。嘉靖间，河北徙，故道遂成陆地。臣奉命由夏镇历丰、沛，至崔家口；由崔家口历河南归德、虞城、夏邑、商丘诸县至新集，则见黄河大势，已直趋潘家口矣。父老言去此十余里，自丁家道口以下二百二十里，旧河形迹见在，可开。臣即自潘家口历丁家道口、马牧集、韩家道口、司家道口、牛黄固、赵家圈，至萧县一带，皆有河形，中间淤平者四分之一，河底皆滂沙，见水即可冲刷。臣以为莫若修而复之。河之复，其利有五：从潘家口出小浮桥，则新集迤东，河道俱为平陆，曹、单、丰、沛永无昏垫，一利也。河身深广，每岁免泛溢之患，虞、夏、丰、沛得以安居，二利也。河从南行，去会通河甚远，闸渠无虞，三利也。来流既深，建瓴之势，导涤自易，则徐州以下，河身亦因而深刷，四利也。小浮桥来流既远，则秦沟可免复冲，而茶城永无淤塞之患，五利也。”既报可，乃役丁夫五万，开匙头湾，塞十一口，大疏八十里，故道渐复。已而以漕舟坏，季驯闲住。
六年春，河决邳州，运道阻。总河侍郎翁大立复议开氵加河，以远其势。潘季驯言：“氵加与黄河相首尾，今河南决淮、扬北，决丰、沛，漕渠不相属，氵加处中，将焉用之？”已而以漕舟坏，季驯被劾归。给事中雒遵言治河有效，无如工部尚书朱衡者。乃诏衡与总河都御史万恭覆视，则氵加口限岭阻石，竟报罢，而一意事徐、邳河。衡上言：“茶城以北，防黄河之决而入；茶城以南，防黄河之决而出。故自茶城至邳州、宿迁，高筑两堤，宿迁至清河，尽塞决口，盖防黄河之出，则正河必淤，昨岁徐、邳之患是也。自茶城、秦沟口至丰、沛、曹、单，以接缕水旧堤，盖防黄河之入，则正河必淤，往年曹、沛之患是也。二处告竣，沛县窑子头至秦沟口，应筑堤御之。”命万恭总理其事，役丁夫五万有奇，分工画地而筑之。
夏四月，两堤成。北堤起磨脐沟，迄邳州之直河；南堤起离林铺，迄宿迁之小河口。各延袤三百七十里，运艘束于河流，睢、邳之间可以稼，建铺立舍，设军民守之，如河南、山东黄河例。河乃安运道，嘉、隆之间，治河者以衡、恭、季驯为能。
神宗万历五年秋八月，河决崔镇，淮决高家堰，横流四溢，连年不治。诏复以潘季驯为右都御史总理河漕。时有议当疏海口者。季驯言：“海口不能以人力疏治，而可以水势冲决，计莫如筑高家堰塞崔镇东，河、淮正流，使并趋入海。”上可其奏。季驯为之三年，而高家堰成。一夕黄浦涸，得龙首以献，其大专车，时以比龙首渠云。
十五年冬十月，命工科给事中韦居敬相度黄河，议修治之策。时黄河漫流，自开封、封丘、偃师，及东明、长垣，多冲决，大学士申时行言失今不治，河将北徙上流，不下徐、淮，则运道可忧，故有是命。已而督河杨一魁议，因决济运，导沁入卫。居敬言：“卫辉城卑于河，恐一决有冲溃之患，沁水多沙，善淤，入漕未便，不如坚筑决口，开河身，加浚卫河，民得灌田，尤为完计。”上从之。
十六年春三月，礼科给事中王士性上言：“黄河自徐而下，河身高而束以堤，行堤与徐州城平。委全力于淮，而淮不任。黄水乘运河如建瓴，淮安、高、宝、兴、盐诸生民，托之一丸泥，决则尽化鱼鳖。而议者如蚁穴漏卮，补救无宁岁，总不如复故道，为一劳永逸之计也。河故道，由桃源三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北。别有济运一河在县南，盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，久且断，河形固在也。自桃源至瓦子滩九十里，地下不耕，无庐墓之碍。至开河费视诸说稍倍，而河道一复，为利无穷。”章下所司，韦居敬言故道难复。不行。复议开訾家营支河，寻诸决口皆塞，淤者复疏。
夏六月，总理河道潘季驯上言：“河水浊而强，汶、泗清而弱，交处则茶城也。每至秋，黄水发入淮，沙停而淤，势也。黄水减，漕水从之，沙随水流，河道自通，纵有浅阻，不过旬日。往者立石洪、内华二闸，遇水发，即闭之，以遏其横；黄水落，则启之，以出泉水。但建闸易，守闸难，贡使之驰行，势要之开放，急不能待，而运道阻矣。乞禁启闭之法。”报可。
十七年，河决双沟单家口，于是专议筑赵皮寨至李景高口遥堤，筑将军庙至塔山长堤，筑羊山至土山横堤，河防幸无事。十九年秋九月，泗州大水，淮水泛溢，高于城，溺人无算，浸
及祖陵。总督河道潘季驯上言：“水性不可拂，河防不可弛，地形不可强，治理不可凿。人欲弃旧以为新，而臣谓故道必不可失；人欲支分以杀势，而臣谓浊流必不可分。霖霪水涨，久当自消。”
时季驯凡四治河，河皆治。季驯之议，以为河性湍悍善徙者，水漫而沙壅也。法莫若以堤束水，以水攻沙，循河故道，束而湍之，使水疾沙刷，无留行，而又近为缕堤；缕堤之外复为遥堤，故水益浅远，不至旁决。
二十三年夏四月，命工科给事中张企程勘淮、泗工。先是，邳州、高邮、宝应大雨水，湖决坏堤，泗州水，浸祖陵。巡按御史牛应元言：“治河在辟清口浮沙，次疏草湾下流，达伍港、灌口，广其途入海。次开周家桥达芒稻河入江，而鲍、王诸口，决为巨浸，难以施工，或分其水筑黄固、戎口之坝，疏符离集、睢水之浅，浚宿迁小河入黄之口。”故有是命。已而企程覆奏：“隆庆末，高、宝、淮、扬告急，当事狃于目前，清口既淤，又高筑堰，堤张福以束之，障全淮以角黄，举七十二溪之水汇于泗者仅口数丈出之。出之十一，潴之十九，河身日高，安得不倒溢以灌泗乎？今高家堰费巨，未可议废，且并高、宝、淮、扬亦不可少，周家桥北去高堰五十里，其支河接革子湖，若浚三十余里，一自金家河入芒稻河注之江，一自子婴沟入广洋湖注之海，则淮水泄矣。武家墩南距高堰十五里，Τ永济河，引水自窑湾闸出口，直达泾河，自昭阳湖入海，则淮之下流有归，此急救祖陵之议也。”
