缺乏统一的领导机构和工作章程，是导致宣传队作用下降的又一原因。在学校内部，各地宣传队根据北大、清华等学校的经验，机构设置比较统一，工作方式方法也有一定的章程。但是，在各学校之上，宣传队却往往缺乏统一的、一贯的、强有力的领导机构。而随着各地革委会陆续建立，各级教育行政机构即行恢复，并开始实施对“教育革命”的领导。在这些教育行政领导机构内，要么是没有宣传队，要么有也远不如各学校中那样人数众多、举足轻重。这也就是说，一度在学校中“领导一切”的宣传队，在刚刚恢复的政府机构和党组织中往往没有得到相应的地位。人们由此往往不难得出一个结论：宣传队不过是在一种特殊的背景下（如武斗、派性斗争严重），处理一些特殊问题（如制止武斗、大联合、建立革委会等）的临时性组织。随着学校党组织的恢复和教育革命的展开，宣传队的历史使命已接近于尾声，人为维持的只能是形式。
导致工宣队作用下降的又一原因，来自他们的派出单位。1969年党的九大之后，随着国内形势逐步趋于安定，工业生产、战备工作大规模地、全面地、紧迫地开展起来。不少工厂因任务紧张把派到工宣队里的骨干力量抽调回厂，有些工厂把派出工宣队看作是工厂的额外负担，因而派出的人员有不少是刚进厂的青年工人、合同工和老弱病残人员。
由于以上几方面因素的相互作用，1968年下半年确立起来的以宣传队为核心的领导体制，到1969年下半年以后便已发生了明显的变化：宣传队在学校中的作用下降，而学校内原领导干部、教师的作用逐渐上升。据1971年初兰州市中小学反映，当时的问题是工宣队的领导普遍削弱，每个学校的工宣队一般只有2—3人，有的只有1人，个别中学还没有工宣队。学校的党支部成立后，有的人便认为工宣队“可有可无”了，不是领导了，有的学校出现了工宣队“没事干”的现象。在浙江省、有的学校还发生了校革委会与工宣队发生冲突的事情。
学校领导体制中的这些变化，从一个侧面反映了当时教育工作发展的一种内在要求，是一种正常的现象。这种变化很快就被张春桥、姚文元等人说成是“右倾回潮”，“否定工人阶级领导”，“否定文化大革命”，等等。然而，这些叫嚣并不能阻挡教育领导体制上合规律的发展变化。1970年以后驻学校的工宣队逐渐减少，据1973年10月统计，全国352所高等学校中，还有工宣队员4892人，比1971年7月的12804人减少61.8％，其中87所高等学校已无工宣队，约占当时高校的四分之一。在农村，多数进驻学校的“贫宣队”、“贫下中农管理委员会也已形同虚设，徒具形式。这一过程的另一个方面，是各种学校内党组织的逐步恢复和健全。
这一本来应当被看作是正常的发展过程，受到了“四人帮”的激烈反对和抵制。1973年10月后。迟群等人打着“反击右倾复辟势力”、“反击修正主义回潮”的旗号，在清华大学发动了对全国教育界产生很大影响的“反回潮、运动。运动中，“反对工人阶级领导”被列为“回潮”的主要罪状之一。1974年2月2日，国务院科教组转发河北省威县辛店大队贫下中农管理学校委员会管理学校的经验，强调要在“批林批孔”运动中“加强贫下中农对农村学校的管理，巩固和发展无产阶级文化大革命的成果”。在此前后，《人民日报》以《贫下中农管理学校就是强》为题，《教育革命通讯》以《顶得住、站得牢、管得好》为题，刊登了辛店大队贫管会的这份材料。其中，《教育革命通讯》还在编者按中说：“辛店这些‘大老粗’们，比起某些知识分子高明的地方，就是对孔老二和资产阶级、修正主义的东西，深恶痛绝。清除其流毒时，痛快淋漓……”。1974年3月31日至4月12日，在中共辽宁省委召开的工宣队工作会议上，重点介绍了中共鞍山市委、丹东市委请工宣队员给领导机关“吹氧”的经验，即“帮助省文教组、教育局的领导干部提高路线觉悟”的做法。会议指责省教育部门“在批林中为回潮大造舆论”，提出“千方百计提高教学质量”的口号是“为回潮鸣锣开道”，等等。因此，“要加强工人阶级的领导和工宣队的建设”。
1974年的批林批孔运动实际上是对1972年以来周恩来领导的对极“左”思潮批判的反动。运动中，许多批判极“左”、纠正“左”的错误的思想和实践都受到猛烈的攻击，一些极“左”思潮的作法又被恢复或部分恢复。1974年6月6日，《光明日报》报道，批林批孔运动开展以来，全国各地普遍加强了驻校工人宣传队和贫下中农管理学校委员会的工作。中共北京市委也向17所高等院校增派了400多名工宣队员，各院系两级领导班子都有工宣队参加。1974年间，北京、上海、辽宁、广西、新疆、山西、内蒙古、四川、青海等省、市、自治区或召开工宣队、贫管会工作会议，或专门下发文件，要求各级党委调整，充实和加强工宣队、贫管会的力量。一些省、市还健全或重建了各级工宣队的专门领导机构，一些学校的领导体制又部分地恢复到1968年下半年至1969年的状况。但是，由于这种体制内在的矛盾，这种恢复往往是形式上的，而且也没有持续多久。
谈及学校的领导体制时，还可附带地说一下学校中的学生组织。学校中的学生组织（小学中的少先队，大中学中的共青团等），在“文化大革命”初期的“天下大乱”中，全部陷于瘫痪，停止工作。“复课闹革命”后的一段时间里，学校里（特别是大中学里）学生一般都分别属于几个“革命造反”群众组织。因这类组织中既有学生又有教师、干部，不是纯粹的学生组织。革委会成立以后，特别是党组织恢复后，造反派组织逐渐消亡，学生组织陆续恢复。一般来说，在小学是“红小兵”，在中学是红卫兵和共青团，在大学是共青团。
1967年12月22日，中共中央、中央文革批转北京市香厂路小学取消少先队，建立红小兵的一份材料。这份材料反映，该校在全校二至六年级的28个教学班中，以年级为单位，分别成立红小兵连（下设排、班），全校组建红小兵团。材料断言：“少先队基本上是一个少年儿童的全民性组织，它抹煞了阶级和阶级斗争，根本不突出毛泽东思想，实际上已经失去了先锋队的战斗作用”，“红小兵团是少年儿童的一种很好的组织形式。它富于革命性、战斗性，有利于推动少年儿童的思想革命化”。自此之后，全国小学以红小兵取代少先队达11年之久。
教育革命初期，特别是在整团建团之前，中学里的学生组织多为红卫兵。”文化大革命”初期，红卫兵是学生中的群众组织。复课闹革命以后，它又逐渐发展演变成一种常设性的学生组织，在一段不长的时间里取代了中学共青团组织。1968年至1970年间，一些大中城市相继颁布了各自的“红卫兵条例”。1970年下半年，天津市中学红卫兵第七次全委扩大会议讨论通过的《天津市中学红卫兵条例（试行）》中，有关红卫兵的性质的规定是：“红卫兵是中国共产党领导下的革命学生的先进群众组织。”关于参加条件，《条例》规定：红卫兵要以劳动人民家庭出身的学生为主体，贯彻党的阶级路线，有成分论，不惟成分论，重在政治表现。加入手续为经学生本人申请，填写登记表，由分队（排）红卫兵听取群众意见讨论通过，中队（连）红卫兵领导小组审查，报红卫兵领导小组批准。各级组织为：市建立红代会常务委员会，区建立红代会常务委员会分会，下设办事机构。学校建立红卫兵团，连建立红卫兵中队，排建立分队，分队下设若干小组。校红卫兵建立各级领导小组，设组长、副组长和成员若干人，各级领导小组的正、副组长可兼任相应的学生连、排的领导成员。红卫兵干部实行轮换制。组织原则为市、区红代会常委、委员和各级红卫兵领导小组成员，根据民主集中制的原则，由各级红卫兵代表大会（红卫兵大会）民主协商选举产生，并经同级党组织批准，报上一级红卫兵组织备案。各级红卫兵组织在同级党组织的领导下，在上级红卫兵组织的指导下进行工作。关于各级组织的任务，《条例》规定：组织红卫兵活学活用毛泽东思想；对红卫兵经常进行阶级、阶级斗争、路线斗争教育，组织红卫兵开展革命大批判；组织红卫兵积极投入无产阶级教育革命，开展各种有益的社会活动；积极开展创四好、五好运动；经常整顿组织，发展红卫兵，抓好活思想，过好组织生活。《条例》还规定，红卫兵要佩带胸章标志。从《条例》中不难看出，此时的红卫兵已经由运动初期的群众造反组织发展为一个青年学生的阶级斗争组织。由于脱离了中学生的实际需要，游离于学校教育工作之外，所以，尽管它从表面上看热热闹闹、轰轰烈烈，但在实质上，它已经失去了存在的依据和发展的动力。由于当时社会上的红卫兵组织多已解散，此类组织主要集中在学校（特别是中学），成为中学生的专门组织，而诸如此类的《条例》都没有或者根本没有说明红卫兵与共青团组织的相互关系，也由于红卫兵没有中央一级的统一组织，1969年整团建团开始以后，它的活动逐渐减少。1973年三四月间，共青团北京市第六次代表大会召开，正式恢复了北京团市委的工作。此后，红卫兵变成为中学共青团的外围组织，以致最后徒具形式，成为一个只能唤起人们以复杂的心情回忆当年“革命造反”的一种形式。
在大学，由于新生入校时团组织的恢复已经取得相当进展，所以一般都未再成立红卫兵一类组织。
教学、科研、生产三结合的教学体制
对教学体制的改革，也是“教育革命”中的一个重要内容。在当时，这一改革被认为是贯彻执行“教育必须为无产阶级政治服务，必须同生产劳动相结合”方针的一场“革命”。教学体制改革的指导思想为：以阶级斗争为纲，突出工人阶级、贫下中农对教学活动的直接领导，教学活动紧密结合生产、科研实践，理论紧密联系实际。
1968年7月22日，《人民日报》发表的《从上海机床厂看培养工程技术人员的道路》及其编其按，已经勾勒出了这种新体制的雏形和方向。9月，根据毛泽东的“七二一”指示，上海机床厂创办了“七二一”工人大学，此后，各地相继仿效这类学校。至1968年底，上海机床厂的经验几乎已经成为把学校交给工厂、街道办的代名词。
1968年12月2日，《人民日报》发表上海、天津、北京等地的读者来信，提出城市的中、小学由工厂、街道办的建议，同时开展了“城市的中小学应当如何办？”的讨论。随后，该报刊登了大量支持上述建议的文章、来信以及一些地方和学校的经验。与此同时，全国各地许多城镇中小学改由工厂接办或“定厂办学”，上海、北京等一些大中城市经试点后，将小学改为由街道办事处管理。兰州市五中自1968年10月工宣队进校后，改为兰州铸造厂厂办中学，变全日制普通中学为半工半读学校，每周学习2天，另外4天半天劳动半天学习，把原来17门课合并为5门（毛泽东思想、工业基础、农业基础、革命文艺、军事体育）在此前后，河北、广东、四川、辽宁、湖北等许多地方的城镇中小学校也由工厂接办，实行类似兰州的厂校合一、工厂办校或定厂办校。
一些大型企业自办附属中等技术学校，培养自己所需要的专门人才，这种做法在“文化大革命”前就已存在。把它作为“教育革命”中的“新生事物”简单地推向整个社会，把中小学及一些大学交给工厂、街道去办，实际上从总体上否定了学校独立存在的意义，加重了工厂的负担，降低了教学水平。这种“开门办学”的结果，实际上是取消了学校的“门”，这是对毛泽东“七二一”指示的曲解和庸俗化。这种做法不久就被一些新形式所取代。
1969年4月党的九大之后，全国各种学校经过普遍的下厂下乡参加劳动与工厂、社队挂钩以及在校内大办工厂、农场，建立校外学工、学农基地等活动，初步形成了另一种开门办学的新体制。这种体制与1968年下半年和1969年初的做法明显不同。它不再一概要求把学校交给工厂、街道去办，实行厂校合一，而是在“开门办学”这一总的要求之下，在保留学校（特别是中小学）独立存在的条件下，以校办工厂、农场、厂校挂钩等多种形式，实现学校与社会的结合。
1970年7月22日，《人民日报》发表的驻清华大学工人解放军毛泽东思想宣传队《为创办社会主义理工科大学而奋斗》一文中，以权威的形式系统地提出了教育新体制的原则和设想。该文提出：
“学校要不要紧密联系实际，开门办学，是举什么旗，走什么路，坚持什么方向的原则问题。”
文章介绍了该校宣传队带领师生走“五七”道路的经验：
到工厂、工地、农村、部队去，参加阶级斗争、生产斗争和科学实验，创办实验工厂、农场；通过参加工农业生产劳动，采取脱产、半脱产或业余形式，举办工人大学班、短期训练班，进行技术革新、科学研究、社会调查等多种途径，开展教育革命。
