人间界中，祖巫好战，共工与祝融因水火不相容，在不周山大战，双双身损，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天，期间五彩石碎片落于洪荒之中（该五彩石碎片吸收日月精华后，孕育出孙悟空，投奔于准提道人门下，成为佛门斗战胜佛，此乃后话）。巫族剩余十祖巫（帝江、句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土）。
东皇十子（陆压）犯过天条，十日齐出游历太古洪荒大地，生灵涂炭。随后由于东皇责罚过轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。大巫夸父被杀后，大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。后羿射杀九只金乌后，被妖族杀死。双方矛盾日益激化。东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。
巫族有剩余十祖巫（共工与祝融在不周山陨落），以及大量太古洪荒大巫（蚩尤、九凤、刑天、相柳、于儿、禺虢等等），一同杀上太古洪荒天庭。妖族有东皇太一（执掌混沌钟）、帝俊（河图洛书）、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神（十二妖神：商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟），凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
女娲由于身为圣人，不可逆了天数，又碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神魔大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出等同于天道圣人肉身出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟（混沌钟），帝俊执掌屠巫剑（戮巫剑：巫妖战前，羲皇遭祖巫围杀身陨，娘娘取混沌魔神伏羲尸首，在炼天炉中炼制而成），所以巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余有的躲藏起来，有的归附仙道（如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主），许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落，人教大兴。人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族（人为女娲所造，加上老子抢分人道、强立人教之前，人道妖道，合为一体，曾加入妖族大军攻打巫族），仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕对抗蚩尤（又有昊天天帝派九天玄女赠送天书），灭其部落，轩辕遂为人皇。
人教大兴，轩辕黄帝屡屡得胜。蚩尤战败，巫族众人痛苦不堪。由于轩辕战蚩尤时，昊天天帝派九天玄女赠送天书支援，于是大巫刑天一怒之下欲伐天庭，逆天而行。刑天大战昊天天帝，被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气吓跑了昊天天帝。
巫族残存势力极少，其中以九凤为首。随后，人巫两族主张以和为贵，不料巫族首领九凤被颛顼偷袭算计，中了轩辕剑后重伤，逃进了洪荒星空。在洪荒星空中，九凤恢复伤势，更炼化了三颗太古星辰（七杀、破军、贪狼）。随后打算回到洪荒人间，杀死转世的颛顼，以报被辱之仇。至此，巫族、妖族两族彻底销声匿迹，不复存在。
