祖巫好战，共工与祝融不知何故在不周山大战，双双身殒，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天。东皇十子犯过天条，东皇责罚轻，大巫夸父不满，行夸父逐日之事，东皇十子遂一起杀夸父。大巫后羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。后羿射日又被众多妖神杀死，东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。（在封神一战中，东皇第十子化为陆压道人，大放异彩）
由此，引起巫妖大战，巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。女娲由于身为圣人，不可逆了天数，又碍于与玄冥后土两女交好，故未插手妖巫之争。其中，帝江遭仙道围攻而殒。经此一战，其余祖巫陨尽，玄冥修为最强，与太一同归于尽，妖巫俱殒。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道（如灵宝道君通天教主所创截教），巫妖两族由此势弱。
巫妖一战后，人类开始迅速发展，从而造成地球地域狭小，金王更是怕再次引发大战，惨绝人寰，于是命鸿钧率诸天修士迁移地仙界（月球之上）。
此后人教（太上老君所创，门下玄都大法师、上洞八仙等）、阐教（元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等）、截教（大弟子多宝道人，无当圣母等等）兴起。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为二教主。女娲的妖教则随巫妖大战泯灭。
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族（人为女娲帮助所造），人巫大战仍是不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子（广成子为阐教十二金仙之首），广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。
其后，轩辕孙颛顼氏又伤巫族首领九凤，灭其族。至此，巫族不成气候。至大禹时，人教达顶峰。后大巫白起被真武荡魔大帝化身徐福用计镇压进山河社稷图，大巫嬴政与勾陈双双身陨，此后，人间界巫族几乎销声匿迹。
人间界居民剩余大部分仙、妖、人中，有神通者俱都搬往地仙界，与早先移民过去的居民共居地仙界，有大神通者纷纷开宗立派，地仙界中修行成风。而散落于洪荒深处的居民，因路途无限遥远，却回不来了。东皇太一身损后，三清推举鸿钧身边童子童女为天庭玉帝、王母娘娘。巫妖大战后，阿修罗一族出幽冥血海，在地仙界、人间界传下道统，为阿修罗魔教，亦名大乘魔教。偏颇教义的法门，结合了巫法、妖术，仙法，为小乘魔教。
