每一个故事都有一个源起，而每一个源起又都有一个更加古老的起源。这些头绪芜杂繁乱，扰人眼球，令人望而生畏，却蕴含着某些奥秘。它们组合在一起，共同演绎着宇宙中的波兰壮阔，曲折跌宕，还有悲欢离合。
在很久很久以前，一个奇点蛋爆炸了，诞生了宇宙，继而产生了时空与物质。物质在黑暗中渡过了12万年后，催生出了宇宙中的第一个智慧种族----E族。一片漆黑中的生活艰难无比，但坚韧的E族通过不懈的努力，一步步了解着自己身处的世界。他们在自己的母星E星上，发现并利用了一种奇特的元素----E元素，从此获得了一种稀有的，能够把周围轮廓清晰显现出来的东西。他们把这种东西命名为“光”。这是堪比人类利用火焰的一个重大转折。此后，E族文明的发展进入了高速期。
又过了16万年，通过正负离子的不断泯灭和碰撞，可见光终于大白于天下，开始在空间中自由地穿梭。2万年后，在E星上，E族第一次接收到了来自宇宙空间中的光。可是，这种光芒，竟然大幅削弱E族的体质，令他们意识到并不是所有的光都对自己有利，他们在晚上活动才更加得心应手。于是E族开始发展光学。光分很多种，这是又一个阶梯，E族文明进入膨胀期。
又过了1996万年，既，宇宙诞生后的20亿年，第一颗恒星出现了，这颗强大的星体无时无刻不在散发强烈的光芒。5万年后，E族侦测到了这颗恒星，把它命名为“顽疾”，因为这颗恒星发出的光，正是E族所不愿见到的那种光。此时正在宇宙中到处探测其他智慧：在当前可见的宇宙中，可见光限制了E族文明的重新发挥。于是，E族给自己的母星E星装上了超光速引擎，向着光芒还未到达的黑暗宇宙中前行了。他们抛弃了所有移民星球上的文明过往，只留下了守护卫士们，和一批数量可观的E族战士，继续护卫着文明，却毫无结果的E族认为，恒星的出现不利于生物的产生，或许自己将在这个宇宙中永远孤独下去。
意想不到的情况来了。又过了10亿年，这时候的E族文明已经高度发达，移民别的星球已经是家常便饭。正是在E族的第18颗移民星球上，首批移民科学家，发现了在白天处于活跃期的四腿生物。从此，各种各样的生物，接连不断在不同星球上的白天被发现，大概每隔10万年就会发现一种。E族欣喜若狂，他们意识到，从此自己将不再孤独，新的智慧文明极有可能会在恒星光芒下被孕育出来，自己将不再寂寞无聊。
可是，星球中的环境瞬息万变，反复无常。在E族静静的观察中，有无数的生物消失灭亡。一直又过了25亿年，还没有另外一种智慧种族产生的迹象。E族科学家们想到，只有对那些弱小的生物进行呵护，才能保证生存经验在种群内的传承，才能逐渐积累到变成智慧的程度。一大批有志的E族科学家，决定不再当旁观者，而是站出来充当守护者。他们分头行动，通过E族高科技，在每一个被发现有生物的星球上，都制造了一个强大的，可以抵御无数自然灾害的守护卫士。这些卫士们平时沉睡，遇到灭亡级灾害便会自动苏醒，保障每颗星球上生物的安全。而每200年卫士们也会苏醒一次，在不惊扰土著生物的情况下悄悄巡视一番，将信息汇总回E族母星。
时间的流逝仿佛比光芒的传播更加快速。眨眼间，宇宙从诞生已经过了72亿年，第一颗恒星“顽疾”也已经走到了生命的尽头。E族文明也像所有的事物一样，开始走下坡路，科技的继承出现了明显的断层，很多高超的技术失传了。这时有一些E族提出将守护卫士们回收，重新研究，妄图恢复往日E族的辉煌。此观点一经提出，就在E族世界掀起了轩然大波，争论甚至演变成了一场长达千年的星际战争。最后，不提倡回收的E族胜利了，但E文明更加元气大伤。E族科学家们开始给自己的种族寻找出路，最终得出的结论是可见光宇宙。
宇宙在沉默中进行着喧闹的演变，但智慧的果实总是那么难以结出。卫士们的守护并没有使智慧加速催生，反而更显得遥遥无期起来。默默执行守护任务已到麻木程度的卫士们，并没有在意到，一个偏远星系的偏远地带，一颗中等恒星旁，一个蓝色行星成型了。那正是我们的家乡----地球。
命运总是有办法捉弄到你，它跟E族开了一个大大的玩笑。在E族并没有注意到的蓝色行星上，又有一个智慧种族出现了，就是我们人类。人类出现于地球纪年45。3亿年，此时的宇宙纪年已经是第145。3亿年。就像当初E族的出现一样，人类的出现是各种巧合的结果。这起初的弱小智慧种族同样尝到了生存的艰辛，但同时也像前辈一样坚韧不拔，终于站稳了脚跟。其间的各种危机，没有了守护者的指导和保护，惊险程度自不必说。一直又过了700万年，既，到了宇宙第150亿年左右，人类登上了地球的卫星，宣示着人类殖民其他星球的时代序幕拉开了一角。
时间又过了100万8463年，人类的发展史上出现了魔女。最开始人类对魔女的能力不甚理解，甚至极力的排斥和迫害。最终激起了全人类所有魔女的大抗议。这所有的魔女一共就有13位，却给人类带来了天大的麻烦。她们把自己的能力封印，变得像普通人。在这期间，人类世界天灾频繁，死亡率走高不下，而且还都是莫名奇妙的死亡。短短时间，人类的死亡率已经远远超过出生率，长此以往，宇宙中将不再会有人类的足迹。此事件，人类史上称为“魔女的诅咒”。从这以后，每一个魔女都有了一个绰号，全人类开始正视她们，并渐渐的开始敬重她们。人类还注意到，同一世代，魔女总是保持13位，既不增多也不减少。假如一个死亡，两个月内必有一个新生的魔女出现，保持13这个数字。加上魔女有着各种神奇的超能力，有人类科学家模糊的意识到，这是受到了宇宙中某些潜规则的影响。人类完全想不到的是，有一个他们完全没发现的，并难以企及的E族文明中也有类似魔女的情况。而且E族也没有完全弄清这到底是为什么，只了解到这是宇宙的核心规则之一，标志着一个文明高度发达，开始接触宇宙真正面目的开端。
宇宙纪年第150亿零900万年，地球纪年46亿900万年，人类开始往一颗古老的行星殖民，这时候宇宙各个角落里的各种生物，人类已经见惯不怪，所以这颗星球上的怪异生物照样没有引起他们的兴趣，除非他们发现除自己外的其他智慧生物。随着人类十几年的努力，这颗星球变得稍微能够居住了，但是野蛮血腥的作风还是主流，贫瘠的资源加上强盗劫匪不断出没，人类很久没有新的殖民者光临这颗星球了，他们为这颗星球起了一个魔鬼的名字----“潘朵拉”。
潘朵拉情况的改变，起自一名年轻的宇宙生物考古学博士----谭尼斯。当初谭尼斯富有才华却不被承认，赌气来到了野蛮星球“潘朵拉”，却意外的找到了些不同寻常的玩意。这些玩意在强盗的手中不值一哂，但在专业知识丰富的谭尼斯手中却大放异彩。谭尼斯认识到这很可能是另一个智慧种族的作品。经过两年的研究，各种线索都指明谭尼斯的猜测八九不离十。鉴于目前星球落后的状态，谭尼斯想要进行更大规模的发掘是不可能的，于是她发表了一篇名为《潘朵拉星曾经存在智慧生物的可能性研究》的论文，以求得援助。这篇论文反响巨大，不长时间就吸引了一大批宝藏猎人前来碰运气，更加引起了一些大武器厂商的注意，前来同本地武器厂商展开竞争，以期优先找到外星智慧文明，壮大本身的科技实力。一时之间潘朵拉星上风起云涌，各种武器装备甚嚣尘上，热闹非凡，独独冷落了第一发现者谭尼斯，没有一个财团来帮助她。谭尼斯气恼更甚，决定雪藏自己的秘密研究成果，她相信，没有她的成果，那些蠢笨的厂商是休想开启外星智慧文明宝藏的。
潘朵拉上的信息还在持续发酵，最终引起了全人类的注意。被称为人类瑰宝的魔女也开始向着潘朵拉进发。第一个到达此星的魔女名为天使，绰号“超脑”，拥有银河级别的原子心算能力，是人类有史以来最强大的计算个体，可以通过原子的现状，推算出原子的过去和将来。所以，只要给予相应的初始条件，她可以推算过去，预见未来。天使和她的父亲杰克，一同加入了亥伯龙公司，很快就被亥伯龙当作至宝，并把她作为核心机密对外封锁了消息。亥伯龙后来的迅速发展，和天使不无关系。而杰克凭借女儿，直接晋级成了亥伯龙高层，并为他今后摄取总裁的宝座埋下了伏笔。
第二个到达潘朵拉的魔女名为莉莉丝，绰号“火鹰”，能够瞬间移动，并像飞鹰般穿透任何物体，使其爆炸。这种火暴的属性让她成为了潘朵拉土匪的克星，坏蛋见了她纷纷逃窜。得益于她的帮助，她的宝藏猎人伙伴发现了潘朵拉星上的第一种宝藏“E元素”。
E元素是一种稀有罕见的元素，不在人类现有的元素周期表上，发出的光芒也不存在于人类现有的光谱上。它有一些特别的属性，比如用令人琢磨不透的方式，大幅改变物体初始的动能。这个特性一经发现，立刻被各武器厂商加以使用，用以提升枪械性能。由于E元素的稀缺，各武器厂商明里暗里大打出手，争夺资源。当然，E元素还有很多的地方有待开发，就像莉莉丝无意间发现的，它与魔女的能力有着非常好的相性，普通人直接使用无疑于毒药，可在魔女身上正好反过来，它是魔女的能量补充剂。莉莉丝和她的朋友并没有将这个无意间的发现透漏出去，可亥伯龙还是知道了，因为他们也有一个魔女，天使。
第三个来到潘朵拉的魔女是奥维莉亚，绰号“冰雪女王”，当她站在自家豪华飞船上降临潘朵拉的那一刻，整个星球的总体温度下降了1摄氏度，这令所有正在检测潘朵拉的武器大佬吃了一惊，差点认为这颗古老行星的末日要提前来临了。奥维利亚阴差阳错的，从达尔手中拯救了亥伯龙位于潘朵拉卫星表面的基地----太阳神，并顺带救出来这个基地的主管杰克。以此为契机，杰克不仅得知了E族的存在，还和E族的战士打了百十回合，从而得知了E族用高科技创造的守护卫士的存在。此后，狠辣阴险的杰克耍了一系列的手腕，坐上了亥伯龙总裁的宝座，并变本加厉地禁锢、压榨自己的女儿，开始推行他对潘朵拉的强权清扫政策。为了得到无以伦比的权利，杰克把终极目标定在了守护卫士身上，既是我们所说的最大宝藏。
杰克以己推人，认为最初的发现者谭尼斯肯定隐藏了什么，他找到了谭尼斯。谭尼斯正高兴终于有人来支持她时，迎接她的却是严刑逼供。不得以，谭尼斯交出了自己雪藏的守护卫士的开启钥匙。杰克愈发得意了。
E族并没有找到期盼了亿万年的新智慧种族，但新的智慧种族找到了E族。后来居上的人类，发展水平完全超乎了E族战士们的想象，而更令E族战士想不到的是，这个新的智慧种族好战、自满、贪婪而又愚蠢。没有一个人类要想和平利用守护卫士，不是想要控制它占领世界，就是想要毁灭它。E族战士虽然强大，但仍敌不过一波又一波的人类士兵和机器人。最后E族战士们选择了暂时撤退，在撤退之前，E族战士对着宇宙中的黑暗地带，向自己的母星发了一个信号。
第四位魔女玛雅到来了，正当杰克的淫威在潘朵拉星上肆虐之时。玛雅绰号“女神族长”，能够以出人意料的方式控制各种元素，甚至能随意将空间也当作一种元素熟练运用，来轻松地禁锢敌人，她家乡的族人认为她身体里栖息着神灵。玛雅和宝藏猎人朋友得到了神秘的指引，加入了潘朵拉人民反抗杰克的大潮。最后玛雅将毁掉最大宝藏，阻止杰克作为目标。
指引玛雅的，正是被杰克折磨得不成人形的天使。在为亥伯龙，更确切地说是为杰克，进行各种运算的同时，天使耗尽了自己的情感，对自己的父亲失望之致。但一次通过E元素偶然的推算，天使似乎预见到了黑暗中有什么，她开始振奋起来，给自己的父亲使绊儿，阻止父亲的阴谋。天使倾尽全力暗地设计了两把武器图纸，“顽疾”和“魔女的诅咒”，牢牢刻在了自己的基因中，并偷偷备份了自己的基因样本，找机会悄悄把样本传输到了已被亥伯龙冷落的一个克隆实验室。然后，天使毅然决然地指引玛雅一伙儿去打败杰克，同时这也是一条天使的自我毁亡之路。最终，由于天使的无私牺牲和她提供的信息，宝藏猎人打倒了杰克和守护卫士。潘朵拉上的人类迎来了曙光。
可有两件事情在不为人知地静静生发。一个是在废弃的克隆实验室里，仪器自动开始运转，要在2个月之内创造一个天使克隆体。另一个是在遥远漆黑的宇宙中，一艘超越人类想象的巨大飞舰，向着潘朵拉启航了。
